32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3355 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3355  putative tape measure protein  100 
 
 		 775 aa  1485    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1388  hypothetical protein  43.07 
 
 		 346 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2697  hypothetical protein  41.04 
 
 		 553 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2103  phage tape measure protein  40 
 
 		 1307 aa  190  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.56214  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2149  phage tape measure protein  40 
 
 		 1308 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.843593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0680  hypothetical protein  39.27 
 
 		 1308 aa  187  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0789  phage tape measure protein  36.72 
 
 		 1306 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.204936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0765  phage tail tape measure protein, TP901 family  36.72 
 
 		 1306 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1684  phage tape measure protein  34.77 
 
 		 1292 aa  154  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  29.34 
 
 		 1521 aa  80.1  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1914  phage-related tail transmembrane protein  37.42 
 
 		 887 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.575173  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4549  putative phage tail protein  33.78 
 
 		 784 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.374859 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4465  putative phage tail protein  33.11 
 
 		 784 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4550  putative phage tail protein  33.11 
 
 		 784 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.423372  normal  0.711096 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2893  phage tail tape measure protein, TP901 family  26.78 
 
 		 817 aa  68.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.772057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1375  Phage tail tape measure protein TP901, core region  48 
 
 		 877 aa  68.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1263  phage tape measure protein  24.81 
 
 		 852 aa  65.1  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00378287  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4676  hypothetical protein  28.71 
 
 		 1609 aa  61.2  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4263  phage tape measure protein  25.93 
 
 		 574 aa  59.3  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  24.32 
 
 		 743 aa  59.3  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1569  phage tail tape measure protein, TP901 family  25.86 
 
 		 825 aa  57  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258062  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1281  hypothetical protein  26 
 
 		 824 aa  54.3  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0181  putative phage-related tail transmembrane protein  41.51 
 
 		 919 aa  53.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4860  putative phage-related tail transmembrane protein  39.62 
 
 		 920 aa  52  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582054  normal  0.698632 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  27.27 
 
 		 991 aa  52  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3691  hypothetical protein  51.28 
 
 		 902 aa  51.2  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0946  phage tail tape measure protein  28.21 
 
 		 1025 aa  50.8  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1357  phage tail-like protein  27.45 
 
 		 550 aa  50.8  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  26.6 
 
 		 781 aa  48.9  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2753  TP901 family phage tail tape measure protein  27.78 
 
 		 1025 aa  47  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000729903 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  23.33 
 
 		 706 aa  46.6  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0788  phage tape measure protein  25.34 
 
 		 866 aa  45.8  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>