More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0920 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_3188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  79.66 
 
 
412 aa  689    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00703451  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0994  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  78.05 
 
 
416 aa  663    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.367182  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0920  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  100 
 
 
414 aa  853    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1046  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  78.05 
 
 
416 aa  663    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0326494  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3228  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  78.05 
 
 
416 aa  663    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0709021  normal  0.49748 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3384  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  97.34 
 
 
414 aa  830    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.25517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3004  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  78.38 
 
 
413 aa  665    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.695553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3811  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  77.07 
 
 
417 aa  661    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.145796  hitchhiker  0.00000614927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0874  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.354645  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3045  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2964  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2963  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3137  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0898  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02626  hypothetical protein  72.26 
 
 
417 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3140  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  71.05 
 
 
419 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3260  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  71.05 
 
 
417 aa  606  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3049  cell wall hydrolase/autolysin  51.25 
 
 
449 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.0314787 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2027  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  46.1 
 
 
454 aa  381  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1381  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.54 
 
 
443 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3199  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  45.69 
 
 
471 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.384074  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.97 
 
 
456 aa  365  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1262  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.85 
 
 
452 aa  364  1e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.826709  normal  0.137617 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.65 
 
 
448 aa  363  2e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1783  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.72 
 
 
465 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193017  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.72 
 
 
418 aa  352  7e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113628  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1305  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.67 
 
 
517 aa  349  5e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274894  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0584  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.98 
 
 
499 aa  341  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0526  cell wall hydrolase/autolysin  42.48 
 
 
497 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105915 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1274  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.22 
 
 
497 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.730541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4773  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.67 
 
 
476 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4949  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.14 
 
 
476 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0480001  normal  0.137764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4688  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.87 
 
 
477 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.802168  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4897  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.14 
 
 
476 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019111  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73040  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.98 
 
 
397 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.487189  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0337  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.63 
 
 
472 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000027639  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5676  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.9 
 
 
487 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.538418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2670  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.5 
 
 
447 aa  294  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.2261  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6339  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.98 
 
 
397 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65370  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.72 
 
 
475 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0527105  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  41.5 
 
 
471 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1952  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
503 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.370807  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
504 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2772  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.86 
 
 
443 aa  287  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00294465  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5895  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
508 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.617961 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.36 
 
 
405 aa  286  5.999999999999999e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0677678  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2016  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.95 
 
 
406 aa  286  7e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.301828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2587  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  58.72 
 
 
508 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.095859  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2482  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0672514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2611  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
505 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0733  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.15 
 
 
505 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0569  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.78 
 
 
471 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.9 
 
 
475 aa  283  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183703  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0843  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.88 
 
 
399 aa  280  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.807823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0722  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.86 
 
 
514 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0493  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.63 
 
 
455 aa  280  3e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0342023  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0520  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.37 
 
 
473 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0449196  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0907  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.51 
 
 
518 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0365  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.51 
 
 
514 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.537641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0910  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.51 
 
 
518 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1064  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, AMIC precursor protein  55.51 
 
 
514 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130481  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2500  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.51 
 
 
514 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.51 
 
 
514 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.292024  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3216  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.41 
 
 
526 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106134  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0746  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.98 
 
 
522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0894  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.59 
 
 
472 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2539  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AMIC precursor protein  56.6 
 
 
507 aa  272  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0570  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.27 
 
 
452 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000754253 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0632  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.21 
 
 
471 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.419176 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1170  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.33 
 
 
519 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0759959  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5127  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  58.52 
 
 
496 aa  269  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498717  normal  0.873024 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.62 
 
 
515 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3975  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.08 
 
 
430 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2409  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.43 
 
 
507 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262199  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0898  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.39 
 
 
483 aa  266  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0983  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.39 
 
 
482 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.951769  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5528  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  38.15 
 
 
407 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2815  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.41 
 
 
506 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.79 
 
 
474 aa  263  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.125384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5657  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.75 
 
 
390 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29220  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.28 
 
 
396 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.381177  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3208  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.88 
 
 
455 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5077  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.91 
 
 
408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1129  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.02 
 
 
523 aa  249  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.418715 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1711  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.71 
 
 
471 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3314  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.18 
 
 
447 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000664916  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0794  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.8 
 
 
440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345459 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2753  hypothetical protein  38.25 
 
 
476 aa  243  6e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3463  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.83 
 
 
518 aa  242  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159422  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2626  hypothetical protein  38.15 
 
 
476 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0322  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.88 
 
 
443 aa  239  5e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2635  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.18 
 
 
442 aa  239  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000028113  unclonable  0.00000000000694269 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2129  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.29 
 
 
416 aa  239  9e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.36 
 
 
439 aa  239  9e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000538528  normal  0.250383 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.83 
 
 
576 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4173  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.01 
 
 
439 aa  237  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3896  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.88 
 
 
473 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000116248  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3713  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.88 
 
 
473 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000484801  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>