More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2409 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2539  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AMIC precursor protein  84.15 
 
 
507 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0584  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  67.05 
 
 
499 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0526  cell wall hydrolase/autolysin  67.44 
 
 
497 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2815  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  94.67 
 
 
506 aa  919    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2409  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  100 
 
 
507 aa  1018    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262199  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.39 
 
 
515 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3216  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.05 
 
 
526 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106134  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0722  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56 
 
 
514 aa  532  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2500  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.93 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0907  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.93 
 
 
518 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0365  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.93 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.537641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1064  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, AMIC precursor protein  54.93 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130481  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5895  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.84 
 
 
508 aa  528  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.617961 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.37 
 
 
448 aa  527  1e-148  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0910  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.93 
 
 
518 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2611  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.04 
 
 
505 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.93 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.292024  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0733  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.63 
 
 
505 aa  524  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0746  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.32 
 
 
522 aa  524  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1262  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.73 
 
 
452 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.826709  normal  0.137617 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2027  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.91 
 
 
454 aa  504  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3199  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.82 
 
 
471 aa  482  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.384074  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5127  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.89 
 
 
496 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498717  normal  0.873024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.33 
 
 
474 aa  474  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.125384  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1170  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  50.19 
 
 
519 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0759959  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3049  cell wall hydrolase/autolysin  50.41 
 
 
449 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.0314787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1305  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.22 
 
 
517 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274894  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2587  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.25 
 
 
508 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.095859  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1129  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  52.37 
 
 
523 aa  448  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.418715 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1381  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.68 
 
 
443 aa  435  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1783  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.25 
 
 
465 aa  413  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193017  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3228  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.77 
 
 
416 aa  375  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0709021  normal  0.49748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0994  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.77 
 
 
416 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.367182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.354645  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0874  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0898  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3260  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.4 
 
 
417 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2963  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1046  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.56 
 
 
416 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0326494  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3137  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3045  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2964  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02626  hypothetical protein  43.97 
 
 
417 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3140  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  43.76 
 
 
419 aa  372  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2482  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  71.07 
 
 
515 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0672514 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1952  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.25 
 
 
503 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.370807  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.25 
 
 
504 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3811  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.4 
 
 
417 aa  348  9e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.145796  hitchhiker  0.00000614927 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  67.37 
 
 
456 aa  326  7e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  63.82 
 
 
418 aa  323  4e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113628  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41 
 
 
412 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00703451  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  39.79 
 
 
471 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40.31 
 
 
475 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1274  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.83 
 
 
497 aa  288  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.730541  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0337  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.39 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000027639  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3004  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  59.57 
 
 
413 aa  276  8e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.695553  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3384  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.85 
 
 
414 aa  269  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.25517  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0920  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.43 
 
 
414 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2670  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.73 
 
 
447 aa  262  8e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.2261  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5676  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.88 
 
 
487 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.538418  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65370  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.88 
 
 
475 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0527105  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4688  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.51 
 
 
477 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.802168  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4897  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.73 
 
 
476 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019111  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0569  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.96 
 
 
471 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4773  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.73 
 
 
476 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4949  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.62 
 
 
476 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0480001  normal  0.137764 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2016  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  52.28 
 
 
406 aa  252  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.301828  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  51.29 
 
 
405 aa  251  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0677678  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0843  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  50.86 
 
 
399 aa  248  2e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.807823  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2753  hypothetical protein  37.44 
 
 
476 aa  247  3e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2626  hypothetical protein  37.21 
 
 
476 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2772  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.17 
 
 
443 aa  242  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00294465  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0520  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  52.69 
 
 
473 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0449196  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0632  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.39 
 
 
471 aa  240  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.419176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1296  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.19 
 
 
448 aa  236  7e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0894  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.26 
 
 
472 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2635  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.11 
 
 
442 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000028113  unclonable  0.00000000000694269 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0570  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  52.59 
 
 
452 aa  231  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000754253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5657  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.8 
 
 
390 aa  230  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6339  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.49 
 
 
397 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73040  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.95 
 
 
397 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.487189  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0493  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  46.64 
 
 
455 aa  228  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0342023  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00411  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.21 
 
 
577 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4173  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.17 
 
 
439 aa  226  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3463  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  46.96 
 
 
299 aa  225  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3543  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.15 
 
 
440 aa  224  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5528  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  46.53 
 
 
407 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3283  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.36 
 
 
476 aa  224  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000101703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0794  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.76 
 
 
440 aa  224  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345459 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.89 
 
 
463 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3208  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.14 
 
 
455 aa  221  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.57 
 
 
439 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000538528  normal  0.250383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3435  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.56 
 
 
462 aa  220  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000801055  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0594  cell wall hydrolase/autolysin  37.56 
 
 
463 aa  220  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000169523  decreased coverage  0.000000280884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.56 
 
 
462 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000955274  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  46.97 
 
 
540 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.962694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5077  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.41 
 
 
408 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2003  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  46.89 
 
 
540 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0555  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.71 
 
 
473 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000230448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>