More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1046 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_3188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  74.75 
 
 
412 aa  642    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00703451  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3811  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  82.41 
 
 
417 aa  719    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.145796  hitchhiker  0.00000614927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0920  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  78.05 
 
 
414 aa  663    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3384  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  76.83 
 
 
414 aa  657    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.25517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1046  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  100 
 
 
416 aa  849    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0326494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0994  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  99.76 
 
 
416 aa  847    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.367182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3228  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  99.76 
 
 
416 aa  847    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0709021  normal  0.49748 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0874  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185955  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3004  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  72.86 
 
 
413 aa  614  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.695553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2964  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0898  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3045  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3137  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2963  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02626  hypothetical protein  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  70.41 
 
 
417 aa  616  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.354645  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3260  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  70.64 
 
 
417 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3140  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC  69.83 
 
 
419 aa  610  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3049  cell wall hydrolase/autolysin  50.23 
 
 
449 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.0314787 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2027  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.9 
 
 
454 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1381  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.95 
 
 
443 aa  388  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1262  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  46.64 
 
 
452 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.826709  normal  0.137617 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  49.87 
 
 
456 aa  379  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3199  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.84 
 
 
471 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.384074  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2539  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AMIC precursor protein  44.23 
 
 
507 aa  375  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0584  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.71 
 
 
499 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0595  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  45.88 
 
 
448 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2409  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.56 
 
 
507 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262199  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.26 
 
 
474 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.125384  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0898  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.49 
 
 
483 aa  363  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0983  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.58 
 
 
482 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.951769  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  50 
 
 
418 aa  361  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113628  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1783  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  48.31 
 
 
465 aa  359  6e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193017  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0519  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40.2 
 
 
515 aa  325  9e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73040  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.29 
 
 
397 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.487189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6339  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.54 
 
 
397 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4773  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.75 
 
 
476 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4688  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.72 
 
 
477 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.802168  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4949  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.72 
 
 
476 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0480001  normal  0.137764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4897  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43 
 
 
476 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019111  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1274  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.16 
 
 
497 aa  288  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.730541  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2016  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.41 
 
 
406 aa  287  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.301828  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5676  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.15 
 
 
487 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.538418  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2670  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  43.19 
 
 
447 aa  286  5e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.2261  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65370  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  42.14 
 
 
475 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0527105  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  42.08 
 
 
471 aa  285  8e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0569  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.78 
 
 
471 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0337  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.67 
 
 
472 aa  282  9e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000027639  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2772  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.33 
 
 
443 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00294465  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5657  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40 
 
 
390 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.31 
 
 
405 aa  275  8e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0677678  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.56 
 
 
475 aa  275  9e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183703  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1952  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
503 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.370807  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0520  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.59 
 
 
473 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0449196  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5895  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
508 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.617961 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2587  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.67 
 
 
508 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.095859  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3216  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  52.65 
 
 
526 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106134  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0746  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  55.42 
 
 
522 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0733  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
505 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2482  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
515 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0672514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2611  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.08 
 
 
505 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0632  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.84 
 
 
471 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.419176 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0526  cell wall hydrolase/autolysin  58.01 
 
 
497 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105915 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0722  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.2 
 
 
514 aa  269  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0493  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.12 
 
 
455 aa  269  8e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0342023  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0843  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.65 
 
 
399 aa  268  1e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.807823  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1170  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  56.03 
 
 
519 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0759959  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5127  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.63 
 
 
496 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498717  normal  0.873024 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5528  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  39.79 
 
 
407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0907  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.85 
 
 
518 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0910  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.85 
 
 
518 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0365  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.85 
 
 
514 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.537641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1064  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, AMIC precursor protein  53.85 
 
 
514 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130481  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2500  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.85 
 
 
514 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.85 
 
 
514 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.292024  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0894  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.3 
 
 
472 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5077  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.75 
 
 
408 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0570  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.38 
 
 
452 aa  261  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000754253 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2815  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.73 
 
 
506 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1305  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  58.9 
 
 
517 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274894  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1129  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.14 
 
 
523 aa  250  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.418715 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29220  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.49 
 
 
396 aa  250  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.381177  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2753  hypothetical protein  36.88 
 
 
476 aa  247  4e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3975  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.91 
 
 
430 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2626  hypothetical protein  37.22 
 
 
476 aa  246  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3463  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  57.38 
 
 
518 aa  246  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159422  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3208  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.64 
 
 
455 aa  242  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1711  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  53.78 
 
 
471 aa  240  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0563  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.43 
 
 
439 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000538528  normal  0.250383 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3314  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.89 
 
 
447 aa  239  9e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000664916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2129  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.08 
 
 
416 aa  233  6e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.24 
 
 
463 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0794  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.34 
 
 
440 aa  232  9e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2635  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.81 
 
 
442 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000028113  unclonable  0.00000000000694269 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0669  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.19 
 
 
430 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.105203  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4173  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.17 
 
 
439 aa  229  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0555  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.09 
 
 
473 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000230448  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.94 
 
 
576 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>