97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0666 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0666  Flp pilus assembly protein CpaB  100 
 
 
314 aa  627  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.406757  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0894  Flp pilus assembly protein CpaB  85.03 
 
 
312 aa  511  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.102241  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2041  Flp pilus assembly protein CpaB  51.71 
 
 
308 aa  292  4e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106466  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0305  SAF domain-containing protein  43.03 
 
 
309 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  31.5 
 
 
342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4869  SAF domain-containing protein  33.46 
 
 
332 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2020  SAF domain-containing protein  31.67 
 
 
275 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3927  Flp pilus assembly protein CpaB  33.07 
 
 
342 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152772  normal  0.4164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3420  Flp pilus assembly CpaB  33.07 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.685338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1130  Flp pilus assembly CpaB  32.56 
 
 
345 aa  99  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0287562  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1884  putative pilus assembly protein CpaB  30.94 
 
 
350 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222645  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2058  Flp pilus assembly CpaB  33.2 
 
 
342 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.308551  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1872  putative pilus assembly protein CpaB  30.94 
 
 
350 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2039  CpaB family Flp pilus assembly protein  30.94 
 
 
350 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.621232  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0337  Flp pilus assembly CpaB  30.94 
 
 
350 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.720767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4615  Flp pilus assembly protein CpaB  31.32 
 
 
270 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1681  Flp pilus assembly protein CpaB  30.94 
 
 
350 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0824  Flp pilus assembly protein CpaB  30.94 
 
 
350 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.570609  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2690  Flp pilus assembly protein CpaB  32.24 
 
 
338 aa  92.4  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2460  CpaB family Flp pilus assembly protein  29.73 
 
 
345 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0968707  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5682  putative pilus assembly protein cpaB  31.94 
 
 
266 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1513  hypothetical protein  32.71 
 
 
309 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139808 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0418  Flp pilus assembly CpaB  30.18 
 
 
278 aa  88.2  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7030  putative pilus assembly protein, cpaB  30.67 
 
 
249 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal  0.799048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  32.88 
 
 
271 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.658434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2385  Flp pilus assembly protein CpaB  31.9 
 
 
268 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0504616  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3519  Flp pilus assembly CpaB  32.76 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2826  Flp pilus assembly protein CpaB  30.3 
 
 
267 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1785  Flp pilus assembly CpaB  31.65 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634606  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3712  Flp pilus assembly CpaB  28.52 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.241083  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4194  Flp pilus assembly protein CpaB  28.47 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  29.57 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0302  Flp pilus assembly CpaB  29.88 
 
 
275 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3486  Flp pilus assembly protein CpaB  28.68 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0314928 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0722  SAF domain-containing protein  28.69 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.268977  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0232  SAF domain-containing protein  27.27 
 
 
250 aa  69.3  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0609  putative CpaB2 pilus assembly protein  26.8 
 
 
267 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.620793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  30.1 
 
 
292 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2479  Flp pilus assembly protein CpaB  28.99 
 
 
261 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.801269  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3996  pilus assembly protein cpaB  30.34 
 
 
270 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  30.21 
 
 
264 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2702  Flp pilus assembly protein CpaB  29.35 
 
 
261 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  23.51 
 
 
274 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  29.2 
 
 
280 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2407  Flp pilus assembly protein CpaB  28.21 
 
 
260 aa  57  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2318  Flp pilus assembly protein CpaB  24.43 
 
 
233 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002643  flp pilus assembly protein RcpC/CpaB  24.58 
 
 
251 aa  56.2  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0218  component of type IV pilus  26.37 
 
 
269 aa  56.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2916  Flp pilus assembly protein CpaB  30 
 
 
307 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3351  SAF domain-containing protein  24.31 
 
 
269 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  25.7 
 
 
269 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  28.49 
 
 
281 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  27.83 
 
 
305 aa  52.8  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  27.22 
 
 
283 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1130  SAF domain protein  28.99 
 
 
280 aa  50.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  29.05 
 
 
234 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4187  Flp pilus assembly protein CpaB  25.11 
 
 
271 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2361  Flp pilus assembly CpaB  27.08 
 
 
261 aa  50.1  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  28.07 
 
 
283 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0795  Flp pilus assembly protein CpaB  24.89 
 
 
390 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  22.57 
 
 
272 aa  49.3  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  26.03 
 
 
266 aa  48.5  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  23.64 
 
 
289 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  26.28 
 
 
282 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  27.78 
 
 
263 aa  48.5  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1168  Flp pilus assembly protein CpaB  25.7 
 
 
295 aa  47.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000250468  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1728  Flp pilus assembly CpaB  23.02 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2548  Flp pilus assembly CpaB  24.85 
 
 
284 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185177  normal  0.0976482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2828  Flp pilus assembly CpaB  30 
 
 
307 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  28.82 
 
 
322 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  25.57 
 
 
281 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  25.57 
 
 
281 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  25.57 
 
 
281 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0245  SAF domain-containing protein  25.51 
 
 
306 aa  46.2  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5126  SAF domain-containing protein  24.32 
 
 
263 aa  45.8  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0670857 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0750  Flp pilus assembly protein CpaB  25.27 
 
 
298 aa  45.8  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2372  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  22.49 
 
 
274 aa  45.8  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.267894  normal  0.976652 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  27.08 
 
 
288 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  28.47 
 
 
262 aa  45.4  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  24.89 
 
 
233 aa  44.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  26.9 
 
 
281 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  26.9 
 
 
279 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3515  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  30.46 
 
 
293 aa  45.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  26.9 
 
 
279 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  26.32 
 
 
279 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2566  Flp pilus assembly protein CpaB  26.3 
 
 
307 aa  43.9  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  25.55 
 
 
272 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2704  SAF domain-containing protein  25.17 
 
 
291 aa  44.3  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0849  Flp pilus assembly protein CpaB  28.67 
 
 
315 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  26.9 
 
 
279 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  26.9 
 
 
281 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  26.9 
 
 
279 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2012  SAF domain-containing protein  20.9 
 
 
272 aa  43.9  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1515  Flp pilus assembly CpaB  32.39 
 
 
260 aa  43.9  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1058  Flp pilus assembly protein CpaB  25.66 
 
 
291 aa  43.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3203  Flp pilus assembly protein CpaB  25 
 
 
291 aa  42.7  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.200873 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6874  Flp pilus assembly protein CpaB  32.17 
 
 
366 aa  42.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.367067  normal  0.327856 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>