131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3351 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3351  SAF domain-containing protein  100 
 
 		 269 aa  532  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0218  component of type IV pilus  66.91 
 
 		 269 aa  336  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4187  Flp pilus assembly protein CpaB  67.82 
 
 		 271 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4475  Flp pilus assembly protein CpaB  71.18 
 
 		 271 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0722  SAF domain-containing protein  47.94 
 
 		 271 aa  226  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.268977  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3996  pilus assembly protein cpaB  47.33 
 
 		 270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0302  Flp pilus assembly CpaB  43.73 
 
 		 275 aa  199  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  41.83 
 
 		 260 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3519  Flp pilus assembly CpaB  44.32 
 
 		 266 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3712  Flp pilus assembly CpaB  44.96 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.241083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1785  Flp pilus assembly CpaB  42.59 
 
 		 265 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634606  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5682  putative pilus assembly protein cpaB  39.25 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2826  Flp pilus assembly protein CpaB  38.11 
 
 		 267 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2385  Flp pilus assembly protein CpaB  44.9 
 
 		 268 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0504616  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0609  putative CpaB2 pilus assembly protein  41.45 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.620793  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2702  Flp pilus assembly protein CpaB  40.17 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2479  Flp pilus assembly protein CpaB  39.74 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.801269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7030  putative pilus assembly protein, cpaB  43.54 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal  0.799048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4615  Flp pilus assembly protein CpaB  43.2 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  36.47 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.658434 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0232  SAF domain-containing protein  40.89 
 
 		 250 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5126  SAF domain-containing protein  37.14 
 
 		 263 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0670857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2407  Flp pilus assembly protein CpaB  38.98 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0418  Flp pilus assembly CpaB  41.75 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  36.26 
 
 		 264 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4194  Flp pilus assembly protein CpaB  35.14 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  38.7 
 
 		 342 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1130  Flp pilus assembly CpaB  34.93 
 
 		 345 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0287562  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4869  SAF domain-containing protein  33.33 
 
 		 332 aa  99.4  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  34.21 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2828  Flp pilus assembly CpaB  33.33 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4199  Flp pilus assembly protein CpaB  33.79 
 
 		 193 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335667  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  32 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2058  Flp pilus assembly CpaB  31.5 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.308551  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  30.32 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  29.32 
 
 		 272 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  31.84 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  31.84 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  31.84 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2916  Flp pilus assembly protein CpaB  31.51 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  30.51 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3006  Flp pilus assembly protein CpaB  35.34 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3927  Flp pilus assembly protein CpaB  29.69 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152772  normal  0.4164 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2361  Flp pilus assembly CpaB  30.73 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3420  Flp pilus assembly CpaB  29.69 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.685338 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2704  SAF domain-containing protein  30.89 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1058  Flp pilus assembly protein CpaB  29.67 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  31.09 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  31.09 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3203  Flp pilus assembly protein CpaB  29.8 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.200873 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  30.85 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2345  Flp pilus assembly CpaB  31.12 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2566  Flp pilus assembly protein CpaB  34.72 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  28.22 
 
 		 269 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  31.75 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1168  Flp pilus assembly protein CpaB  29.79 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000250468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2690  Flp pilus assembly protein CpaB  28.96 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1746  Flp pilus assembly protein CpaB  29.52 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  30.26 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  29.92 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2548  Flp pilus assembly CpaB  30 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185177  normal  0.0976482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  31.66 
 
 		 280 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  30.48 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0998  Flp pilus assembly CpaB  28.02 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394807  normal  0.82555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2372  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  29.26 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.267894  normal  0.976652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2012  SAF domain-containing protein  29.56 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  31.05 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  27.51 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  29.26 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002643  flp pilus assembly protein RcpC/CpaB  29.06 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  30.05 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  29.41 
 
 		 281 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  29.41 
 
 		 281 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  29.41 
 
 		 281 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3486  Flp pilus assembly protein CpaB  27.6 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0314928 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1513  hypothetical protein  27 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139808 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  26.7 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  25.32 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1515  Flp pilus assembly CpaB  27.14 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2020  SAF domain-containing protein  30 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0792  Flp pilus assembly CpaB  28.57 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0325336  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1130  SAF domain protein  32.09 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  29.66 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  26.84 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1518  Flp pilus assembly protein CpaB  28.19 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  29.29 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0309  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  29.5 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4444  Flp pilus assembly protein CpaB  29.72 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0305  SAF domain-containing protein  30.1 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0795  Flp pilus assembly protein CpaB  26.78 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1910  putative Flp pilus assembly protein CpaB  29.38 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0558  putative Flp pilus assembly protein CpaB  29.38 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2692  Flp pilus assembly protein CpaB  27.88 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000594167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1728  Flp pilus assembly CpaB  26.32 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1021  Flp pilus assembly protein CpaB  27.89 
 
 		 258 aa  53.9  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1657  Flp pilus assembly CpaB  31 
 
 		 342 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.255393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1681  Flp pilus assembly protein CpaB  28.95 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0337  Flp pilus assembly CpaB  28.95 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.720767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1872  putative pilus assembly protein CpaB  28.95 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1884  putative pilus assembly protein CpaB  28.95 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222645  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>