129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1542 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1542  cytochrome C family protein  100 
 
 		 655 aa  1296    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0724057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1440  hypothetical protein  30.53 
 
 		 413 aa  144  5e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00370181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1146  hypothetical protein  25.95 
 
 		 426 aa  118  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00972968  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0471  hypothetical protein  28.75 
 
 		 790 aa  118  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0674457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1995  cytochrome C family protein  24.24 
 
 		 658 aa  90.9  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3135  hypothetical protein  23.08 
 
 		 717 aa  90.1  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3166  cytochrome C family protein  24.87 
 
 		 650 aa  87.4  8e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3068  cytochrome c family protein  24.9 
 
 		 650 aa  84.7  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1541  cytochrome c family protein  23.76 
 
 		 656 aa  82  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0115719 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1836  cytochrome C family protein  23.21 
 
 		 658 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2495  cytochrome c family protein  24.9 
 
 		 646 aa  80.5  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3261  cytochrome C family protein  23.75 
 
 		 656 aa  80.1  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2189  cytochrome c family protein  24.47 
 
 		 600 aa  79  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1125  cytochrome C family protein  26.63 
 
 		 426 aa  79  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.4798  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1124  cytochrome C family protein  25.05 
 
 		 658 aa  77.8  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932844  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0451  hypothetical protein  24.64 
 
 		 621 aa  75.5  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0472  cytochrome c family protein  26.33 
 
 		 664 aa  75.5  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.482092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1837  cytochrome C family protein  26.95 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0747  multiheme cytochrome  28.53 
 
 		 487 aa  74.3  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.568299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0598  PKD  25.35 
 
 		 806 aa  72  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00146483  normal  0.752324 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1315  hypothetical protein  25.87 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000524828  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2645  hypothetical protein  23.46 
 
 		 867 aa  71.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.519217  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2210  cytochrome c family protein  25.33 
 
 		 711 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1996  cytochrome C family protein  25.66 
 
 		 427 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0405741  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0450  cytochrome c family protein  27.3 
 
 		 312 aa  67  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.297176 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5161  hypothetical protein  22.87 
 
 		 794 aa  66.6  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1703  cytochrome c family protein  23.83 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0992  hypothetical protein  27.13 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0600  PKD  25.37 
 
 		 712 aa  64.3  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000134554  normal  0.252595 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2887  cytochrome c family protein  24.95 
 
 		 884 aa  64.3  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0141387  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1575  cytochrome c family protein  22.43 
 
 		 479 aa  63.9  0.000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1297  hypothetical protein  25.78 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.581727  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3163  cytochrome C family protein  26.46 
 
 		 442 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2759  cytochrome C family protein  24.21 
 
 		 449 aa  62.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3165  cytochrome C family protein  23.61 
 
 		 436 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3067  cytochrome c family protein  23.37 
 
 		 436 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3260  cytochrome C family protein  23.37 
 
 		 436 aa  61.6  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2822  hypothetical protein  21.76 
 
 		 340 aa  62  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000171082  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2603  cytochrome b subunit of formate dehydrogenase-like protein  24.1 
 
 		 729 aa  60.1  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.18944  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0592  cytochrome c family protein  21.57 
 
 		 329 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000257113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003777  decaheme cytochrome c MtrA  26.49 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2230  cytochrome C family protein  25.94 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0468166  decreased coverage  0.000802637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3675  cytochrome C family protein  25.28 
 
 		 315 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1213  decaheme cytochrome c MtrD  24.15 
 
 		 318 aa  56.2  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.766107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2519  cytochrome C family protein  25.37 
 
 		 322 aa  55.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.589751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0268  cytochrome C family protein  25.56 
 
 		 314 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2048  cytochrome c family protein  23.61 
 
 		 340 aa  55.1  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.36956e-16  hitchhiker  0.000000028762 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2323  hypothetical protein  21.66 
 
 		 340 aa  55.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000105852  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1996  cytochrome c family protein  22.58 
 
 		 343 aa  53.9  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00379729  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3130  cytochrome C family protein  25.47 
 
 		 317 aa  53.9  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.849943  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0993  hypothetical protein  23.08 
 
 		 291 aa  53.9  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000916347  decreased coverage  0.0000889659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2494  cytochrome c family protein  23.26 
 
 		 434 aa  53.5  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2301  cytochrome c family protein  22.74 
 
 		 709 aa  53.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0692  cytochrome c family protein  22.59 
 
 		 330 aa  53.5  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000351861 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2666  hypothetical protein  23.12 
 
 		 620 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  23.17 
 
 		 639 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  23.17 
 
 		 639 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  23.55 
 
 		 639 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0679  cytochrome c family protein  24.13 
 
 		 330 aa  53.1  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1782  decaheme cytochrome c MtrD  25.1 
 
 		 306 aa  52  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3544  cytochrome C family protein  25.63 
 
 		 1106 aa  52  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2925  cytochrome c family protein  23.68 
 
 		 315 aa  52.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2724  cytochrome c family protein  23.91 
 
 		 704 aa  51.6  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3518  cytochrome C family protein  25.89 
 
 		 331 aa  51.6  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000517887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3686  cytochrome C family protein  22.93 
 
 		 314 aa  51.6  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1900  hypothetical protein  23.31 
 
 		 340 aa  52  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.857082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0253  hypothetical protein  24.44 
 
 		 370 aa  51.6  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2506  cytochrome C family protein  24.33 
 
 		 321 aa  51.2  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365224  hitchhiker  0.00105775 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  24.26 
 
 		 639 aa  51.2  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0352  cytochrome c family protein  25.09 
 
 		 317 aa  51.2  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.101331 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2574  cytochrome C family protein  24.33 
 
 		 321 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.448859  hitchhiker  0.00699839 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2672  cytochrome C family protein  24.33 
 
 		 321 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.655979  normal  0.0486911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0227  cytochrome c family protein  24.91 
 
 		 316 aa  51.2  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1427  decaheme cytochrome c  24.88 
 
 		 318 aa  50.4  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1402  cytochrome c family protein  24.91 
 
 		 316 aa  50.4  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  26.97 
 
 		 656 aa  50.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  23.03 
 
 		 639 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  24.48 
 
 		 319 aa  50.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3565  hypothetical protein  27.2 
 
 		 1110 aa  49.7  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3218  cytochrome c family protein  25 
 
 		 480 aa  49.7  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0562793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  23.03 
 
 		 639 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  0.0000444921 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6650  hypothetical protein  26.76 
 
 		 266 aa  49.7  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.237631  normal  0.336128 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0934  cytochrome C family protein  25.14 
 
 		 337 aa  49.7  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2899  cytochrome c family protein  25.16 
 
 		 374 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.167025  normal  0.604733 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3840  cytochrome C family protein  22.84 
 
 		 331 aa  48.9  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000859924  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1530  cytochrome c family protein  26.07 
 
 		 321 aa  48.9  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1136  hypothetical protein  24.33 
 
 		 288 aa  48.9  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3831  cytochrome C family protein  23.76 
 
 		 358 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0077  hypothetical protein  25 
 
 		 616 aa  48.5  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.09082e-34 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  22.83 
 
 		 639 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1207  decaheme cytochrome c MtrA  25.77 
 
 		 326 aa  48.1  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0298799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  22.63 
 
 		 639 aa  48.1  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000158979  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2820  cytochrome C family protein  23.49 
 
 		 312 aa  48.1  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3564  cytochrome C family protein  24.48 
 
 		 955 aa  47.8  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0497  cytochrome C family protein  24.55 
 
 		 1053 aa  47.8  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3057  cytochrome C family protein  25 
 
 		 1017 aa  47.4  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3114  cytochrome C family protein  23.05 
 
 		 440 aa  47.4  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2930  cytochrome c family protein  23.57 
 
 		 329 aa  47  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000304572  decreased coverage  8.81711e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3775  cytochrome c family protein  22.65 
 
 		 384 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.172971  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1153  cytochrome C family protein  26.99 
 
 		 958 aa  47.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>