More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3844 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
474 aa  931    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.58 
 
 
530 aa  604  9.999999999999999e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  68.84 
 
 
512 aa  531  1e-149  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  71.15 
 
 
573 aa  522  1e-147  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.07 
 
 
636 aa  505  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.81 
 
 
507 aa  507  9.999999999999999e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.12 
 
 
635 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.61 
 
 
631 aa  497  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.69 
 
 
476 aa  496  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.24 
 
 
453 aa  494  9.999999999999999e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.75 
 
 
503 aa  494  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  59.69 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.21 
 
 
392 aa  494  9.999999999999999e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.69 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.54 
 
 
468 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.69 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  64.96 
 
 
456 aa  489  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.03 
 
 
443 aa  488  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.8 
 
 
467 aa  479  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.17 
 
 
551 aa  479  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.42 
 
 
491 aa  476  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  65.84 
 
 
498 aa  474  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.66 
 
 
491 aa  454  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  54.5 
 
 
607 aa  436  1e-121  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  50 
 
 
728 aa  429  1e-119  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.47 
 
 
449 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.92 
 
 
501 aa  414  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.27 
 
 
571 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  55.91 
 
 
741 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.9 
 
 
508 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.11 
 
 
469 aa  393  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.46 
 
 
461 aa  390  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.88 
 
 
502 aa  390  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.3 
 
 
544 aa  376  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.25 
 
 
462 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.51 
 
 
566 aa  363  4e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.49 
 
 
489 aa  363  4e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.91 
 
 
446 aa  355  1e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.61 
 
 
854 aa  355  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.2 
 
 
590 aa  340  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.93 
 
 
507 aa  324  2e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.02 
 
 
463 aa  302  7.000000000000001e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.85 
 
 
448 aa  301  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.16 
 
 
423 aa  299  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.32 
 
 
467 aa  293  4e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.13 
 
 
626 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  46.05 
 
 
374 aa  290  3e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.57 
 
 
626 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  43.29 
 
 
622 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.84 
 
 
629 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  43.84 
 
 
629 aa  289  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.57 
 
 
627 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.13 
 
 
630 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  38.17 
 
 
639 aa  286  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.29 
 
 
513 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.72 
 
 
565 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  44.57 
 
 
697 aa  285  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.91 
 
 
441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 
628 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  38.06 
 
 
635 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.29 
 
 
497 aa  284  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  39.74 
 
 
491 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  42.54 
 
 
445 aa  282  7.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  38.73 
 
 
460 aa  282  8.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.27 
 
 
418 aa  282  9e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.5 
 
 
593 aa  282  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  43.01 
 
 
557 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.89 
 
 
451 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.61 
 
 
452 aa  281  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  43.8 
 
 
499 aa  281  2e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.61 
 
 
506 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.86 
 
 
439 aa  281  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.7 
 
 
503 aa  281  3e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2785  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.51 
 
 
585 aa  281  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.123972  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  38.95 
 
 
482 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.21 
 
 
499 aa  280  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1447  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.45 
 
 
507 aa  279  7e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.566977  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.98 
 
 
618 aa  279  1e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 
494 aa  278  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.33 
 
 
418 aa  278  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1393  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.4 
 
 
507 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.4 
 
 
507 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  35.48 
 
 
424 aa  277  4e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  40.27 
 
 
540 aa  276  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.39 
 
 
479 aa  276  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.66 
 
 
506 aa  276  7e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.75 
 
 
514 aa  276  7e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.7 
 
 
447 aa  276  8e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  35.95 
 
 
495 aa  275  9e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  37.39 
 
 
446 aa  275  9e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.97 
 
 
492 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.16 
 
 
418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.68 
 
 
489 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.39 
 
 
480 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2505  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.21 
 
 
561 aa  275  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000169181 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.54 
 
 
544 aa  274  3e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  38.93 
 
 
469 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  41.71 
 
 
559 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11320  DNA/RNA helicase, superfamily II  41.44 
 
 
582 aa  273  7e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.381496  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.22 
 
 
452 aa  273  7e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>