More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_10130 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  100 
 
 
449 aa  879    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.27 
 
 
501 aa  549  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.05 
 
 
469 aa  479  1e-134  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.84 
 
 
461 aa  477  1e-133  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.78 
 
 
502 aa  468  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.9 
 
 
571 aa  470  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.11 
 
 
462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.07 
 
 
489 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.64 
 
 
854 aa  434  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  56.36 
 
 
741 aa  434  1e-120  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.2 
 
 
544 aa  415  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.9 
 
 
474 aa  416  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.53 
 
 
530 aa  410  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.82 
 
 
566 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.37 
 
 
392 aa  398  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.89 
 
 
508 aa  396  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.79 
 
 
635 aa  391  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.26 
 
 
631 aa  386  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.46 
 
 
467 aa  387  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  51.75 
 
 
507 aa  382  1e-105  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.07 
 
 
444 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.67 
 
 
551 aa  380  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.07 
 
 
444 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.66 
 
 
453 aa  381  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.07 
 
 
444 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  53.02 
 
 
573 aa  378  1e-103  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.99 
 
 
507 aa  375  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.71 
 
 
443 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.01 
 
 
503 aa  373  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.08 
 
 
468 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.27 
 
 
636 aa  368  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.86 
 
 
491 aa  369  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.59 
 
 
456 aa  365  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.17 
 
 
491 aa  363  4e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.62 
 
 
512 aa  360  3e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.76 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  53.48 
 
 
498 aa  357  2.9999999999999997e-97  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  47.56 
 
 
728 aa  350  3e-95  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  46.84 
 
 
607 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.08 
 
 
446 aa  342  5.999999999999999e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.51 
 
 
590 aa  340  4e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.72 
 
 
467 aa  290  2e-77  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.86 
 
 
514 aa  288  1e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.61 
 
 
471 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.53 
 
 
527 aa  288  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.57 
 
 
480 aa  288  2e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  43.21 
 
 
469 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.59 
 
 
423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  42.35 
 
 
460 aa  284  3.0000000000000004e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.47 
 
 
441 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.85 
 
 
494 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  38.85 
 
 
476 aa  282  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  42.42 
 
 
481 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.54 
 
 
479 aa  281  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  42.45 
 
 
445 aa  281  2e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.63 
 
 
423 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 
549 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.71 
 
 
496 aa  280  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.7 
 
 
474 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4727  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.57 
 
 
460 aa  279  7e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.215295  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.23 
 
 
506 aa  279  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  41.83 
 
 
482 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.97 
 
 
497 aa  278  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.25 
 
 
452 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.4 
 
 
535 aa  278  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.83 
 
 
451 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.74 
 
 
513 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0145  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.72 
 
 
446 aa  278  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  38.98 
 
 
477 aa  277  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  39.24 
 
 
491 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.26 
 
 
438 aa  276  6e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.97 
 
 
443 aa  276  7e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.97 
 
 
549 aa  275  8e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
511 aa  275  8e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.44 
 
 
525 aa  275  9e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.97 
 
 
578 aa  275  9e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.02 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  51.47 
 
 
374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.24 
 
 
506 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.6 
 
 
559 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0163  ATP-dependent RNA helicase  43.44 
 
 
446 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.66 
 
 
510 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.47 
 
 
533 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.66 
 
 
510 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  38.14 
 
 
557 aa  274  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.25 
 
 
527 aa  274  3e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
550 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.15 
 
 
540 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.99 
 
 
623 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.7 
 
 
506 aa  273  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.7 
 
 
499 aa  273  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
477 aa  272  7e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 
532 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.83 
 
 
475 aa  272  8.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  42.59 
 
 
506 aa  272  9e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.45 
 
 
439 aa  272  9e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.48 
 
 
503 aa  272  1e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  44.03 
 
 
697 aa  272  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.61 
 
 
634 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.59 
 
 
526 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>