More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3511 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  73.66 
 
 
476 aa  716    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  83.47 
 
 
474 aa  780    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  90.95 
 
 
491 aa  887    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  78.1 
 
 
481 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
482 aa  969    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  77.27 
 
 
477 aa  749    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  73.96 
 
 
469 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.87 
 
 
559 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.47 
 
 
499 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.61 
 
 
506 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.69 
 
 
506 aa  472  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.24 
 
 
510 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.24 
 
 
510 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.07 
 
 
506 aa  463  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.44 
 
 
418 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.2 
 
 
418 aa  441  9.999999999999999e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.08 
 
 
423 aa  440  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.11 
 
 
418 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.87 
 
 
459 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.53 
 
 
452 aa  437  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.78 
 
 
463 aa  433  1e-120  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.9 
 
 
485 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.27 
 
 
525 aa  429  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.33 
 
 
439 aa  431  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.96 
 
 
418 aa  429  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  54.43 
 
 
418 aa  426  1e-118  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.78 
 
 
418 aa  427  1e-118  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  56.57 
 
 
498 aa  428  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.5 
 
 
479 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.67 
 
 
448 aa  424  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  52.57 
 
 
446 aa  422  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.7 
 
 
492 aa  419  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.76 
 
 
479 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.38 
 
 
437 aa  421  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.42 
 
 
383 aa  422  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.95 
 
 
453 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.52 
 
 
448 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.77 
 
 
415 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.37 
 
 
535 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.93 
 
 
513 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.63 
 
 
497 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  47.6 
 
 
635 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.98 
 
 
578 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
628 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.93 
 
 
550 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.37 
 
 
549 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  47.5 
 
 
639 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.97 
 
 
525 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.1 
 
 
511 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.55 
 
 
491 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.03 
 
 
525 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.97 
 
 
515 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 
494 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.04 
 
 
479 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.97 
 
 
526 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.75 
 
 
549 aa  398  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2582  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.92 
 
 
427 aa  392  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.397451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  53.72 
 
 
557 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.61 
 
 
533 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  47.42 
 
 
424 aa  395  1e-108  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.21 
 
 
626 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.95 
 
 
627 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  53.93 
 
 
622 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.24 
 
 
626 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
443 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  50.23 
 
 
540 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  51.03 
 
 
516 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  52.7 
 
 
429 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.2 
 
 
630 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.05 
 
 
522 aa  385  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.76 
 
 
485 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.76 
 
 
485 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.88 
 
 
485 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  55.01 
 
 
506 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.76 
 
 
485 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  50.76 
 
 
485 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.16 
 
 
426 aa  384  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.5 
 
 
466 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  52.03 
 
 
629 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.03 
 
 
629 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.41 
 
 
425 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  53.78 
 
 
477 aa  380  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.39 
 
 
565 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.75 
 
 
479 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.02 
 
 
577 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  51.21 
 
 
445 aa  381  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.02 
 
 
578 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.66 
 
 
560 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  50.63 
 
 
543 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50 
 
 
452 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.47 
 
 
540 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.58 
 
 
477 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.87 
 
 
480 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.43 
 
 
453 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.03 
 
 
515 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  53.64 
 
 
393 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.52 
 
 
482 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.38 
 
 
488 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  51.64 
 
 
574 aa  375  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.43 
 
 
453 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>