More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4724 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
453 aa  912    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  61.77 
 
 
498 aa  556  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  63.56 
 
 
459 aa  558  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.61 
 
 
506 aa  498  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.55 
 
 
510 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.08 
 
 
506 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.55 
 
 
510 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.53 
 
 
506 aa  487  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.32 
 
 
499 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.95 
 
 
559 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  54.55 
 
 
476 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.27 
 
 
479 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  54 
 
 
491 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  55.63 
 
 
469 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.27 
 
 
474 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  58.65 
 
 
477 aa  433  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  57.41 
 
 
481 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  56.05 
 
 
482 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.47 
 
 
463 aa  426  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.04 
 
 
525 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.6 
 
 
439 aa  417  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.58 
 
 
492 aa  415  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.86 
 
 
448 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.1 
 
 
383 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.96 
 
 
485 aa  410  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.76 
 
 
479 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.15 
 
 
437 aa  404  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.46 
 
 
415 aa  403  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.4 
 
 
418 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.61 
 
 
418 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.76 
 
 
448 aa  398  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  52.1 
 
 
516 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.08 
 
 
423 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.9 
 
 
452 aa  399  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.18 
 
 
567 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.7 
 
 
511 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.87 
 
 
497 aa  395  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.93 
 
 
494 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.23 
 
 
513 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  50.7 
 
 
446 aa  395  1e-109  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.91 
 
 
580 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.35 
 
 
418 aa  392  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.09 
 
 
550 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  50.96 
 
 
418 aa  389  1e-107  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.88 
 
 
418 aa  389  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  47.73 
 
 
484 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.2 
 
 
418 aa  386  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.17 
 
 
498 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  51.46 
 
 
424 aa  385  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.08 
 
 
535 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  54.99 
 
 
506 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.24 
 
 
578 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.08 
 
 
628 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.84 
 
 
443 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.33 
 
 
496 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.18 
 
 
452 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.53 
 
 
549 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.51 
 
 
549 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.2 
 
 
463 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.04 
 
 
466 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.73 
 
 
525 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.73 
 
 
515 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.38 
 
 
428 aa  382  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  48.4 
 
 
461 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  54.44 
 
 
445 aa  381  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.73 
 
 
526 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.12 
 
 
515 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.12 
 
 
515 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.09 
 
 
540 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  55.52 
 
 
435 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.73 
 
 
525 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.08 
 
 
626 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 
461 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.21 
 
 
491 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.21 
 
 
626 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.57 
 
 
425 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  52.84 
 
 
477 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  52.42 
 
 
393 aa  378  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.07 
 
 
533 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.53 
 
 
560 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  51.23 
 
 
635 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.53 
 
 
565 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  51.23 
 
 
639 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.2 
 
 
627 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2582  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.71 
 
 
427 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.397451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  53.37 
 
 
629 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.88 
 
 
629 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  53.64 
 
 
622 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.03 
 
 
601 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.86 
 
 
630 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  50.26 
 
 
574 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.42 
 
 
453 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.992502  normal  0.993295 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.55 
 
 
426 aa  373  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1743  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.52 
 
 
479 aa  375  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.236928 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.7 
 
 
514 aa  370  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  52.43 
 
 
540 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.65 
 
 
577 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.65 
 
 
578 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.03 
 
 
571 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.83 
 
 
418 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>