More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4484 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
498 aa  999    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.18 
 
 
580 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  76.52 
 
 
567 aa  598  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  75.06 
 
 
484 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1743  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.38 
 
 
479 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.236928 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.76 
 
 
461 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  59.76 
 
 
461 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.76 
 
 
453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.992502  normal  0.993295 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0927  DEAD/DEAH box helicase-like  61.6 
 
 
445 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.220122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0115  DEAD/DEAH box helicase-like  63.37 
 
 
451 aa  457  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2715  putative ATP-dependent RNA helicase  60.16 
 
 
434 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.511993  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.37 
 
 
506 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.92 
 
 
559 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.47 
 
 
499 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.91 
 
 
506 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  54.57 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.23 
 
 
459 aa  404  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.84 
 
 
506 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.77 
 
 
510 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 
510 aa  395  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.03 
 
 
439 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.17 
 
 
453 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  45.84 
 
 
469 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  45.57 
 
 
491 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.14 
 
 
452 aa  375  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.64 
 
 
448 aa  376  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.92 
 
 
479 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.26 
 
 
513 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  47.53 
 
 
476 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.24 
 
 
479 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.67 
 
 
474 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0874  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.29 
 
 
471 aa  374  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.64 
 
 
525 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.25 
 
 
525 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  48.07 
 
 
482 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  47.12 
 
 
477 aa  374  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.42 
 
 
626 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.86 
 
 
492 aa  369  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.75 
 
 
494 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  50.14 
 
 
481 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.08 
 
 
423 aa  369  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.25 
 
 
525 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.22 
 
 
626 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.76 
 
 
456 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.31 
 
 
452 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.81 
 
 
485 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.34 
 
 
627 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.16 
 
 
526 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.49 
 
 
455 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.32 
 
 
476 aa  369  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  43.33 
 
 
516 aa  368  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.16 
 
 
515 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.2 
 
 
463 aa  366  1e-100  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.76 
 
 
452 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.1 
 
 
437 aa  367  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.01 
 
 
550 aa  365  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.05 
 
 
477 aa  365  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  52.34 
 
 
445 aa  364  2e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.91 
 
 
448 aa  364  2e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  50.28 
 
 
460 aa  364  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.69 
 
 
462 aa  364  3e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.8 
 
 
415 aa  363  4e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.62 
 
 
497 aa  363  4e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  53.23 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.23 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.12 
 
 
629 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.23 
 
 
455 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.67 
 
 
511 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.23 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.23 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  53.23 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.23 
 
 
454 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1052  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.95 
 
 
535 aa  362  7.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1017  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.95 
 
 
535 aa  362  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  50 
 
 
424 aa  362  1e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  45.87 
 
 
629 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
453 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
453 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
453 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.03 
 
 
630 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.08 
 
 
496 aa  361  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
453 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
454 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
453 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  46.72 
 
 
622 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.96 
 
 
454 aa  360  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.67 
 
 
383 aa  359  5e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.09 
 
 
628 aa  359  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.22 
 
 
423 aa  360  5e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2139  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.38 
 
 
464 aa  359  8e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 
451 aa  358  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.1 
 
 
491 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 
451 aa  358  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  48.3 
 
 
420 aa  357  2.9999999999999997e-97  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.08 
 
 
549 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.96 
 
 
578 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.3 
 
 
411 aa  357  3.9999999999999996e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
549 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.41 
 
 
418 aa  355  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.41 
 
 
418 aa  355  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>