More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0927 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0927  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
445 aa  891    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.220122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2715  putative ATP-dependent RNA helicase  67.03 
 
 
434 aa  513  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.511993  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1743  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.7 
 
 
479 aa  484  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.236928 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.12 
 
 
498 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.97 
 
 
567 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.44 
 
 
580 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  53.26 
 
 
461 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.76 
 
 
453 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.992502  normal  0.993295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.03 
 
 
461 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0115  DEAD/DEAH box helicase-like  61.66 
 
 
451 aa  450  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  58.1 
 
 
484 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.34 
 
 
459 aa  393  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.58 
 
 
559 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  51.26 
 
 
498 aa  388  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.29 
 
 
510 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.96 
 
 
506 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.29 
 
 
510 aa  382  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.02 
 
 
506 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  47.52 
 
 
469 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.54 
 
 
439 aa  381  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 
479 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.32 
 
 
506 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.38 
 
 
550 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.1 
 
 
452 aa  372  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.87 
 
 
499 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.13 
 
 
476 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.96 
 
 
492 aa  371  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.99 
 
 
513 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.06 
 
 
448 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
526 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
525 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50 
 
 
515 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  44.37 
 
 
491 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.76 
 
 
428 aa  368  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.65 
 
 
452 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
525 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.4 
 
 
479 aa  364  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.75 
 
 
423 aa  364  2e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  44.32 
 
 
476 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.72 
 
 
474 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.28 
 
 
578 aa  363  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.39 
 
 
496 aa  363  4e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.2 
 
 
535 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.7 
 
 
477 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.43 
 
 
455 aa  362  8e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  50.66 
 
 
393 aa  361  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  47.97 
 
 
481 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  45.7 
 
 
482 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
549 aa  362  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.2 
 
 
453 aa  360  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.78 
 
 
451 aa  360  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.78 
 
 
451 aa  360  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.1 
 
 
477 aa  360  4e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.15 
 
 
437 aa  359  6e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.77 
 
 
456 aa  358  9e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.72 
 
 
549 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.93 
 
 
415 aa  358  9.999999999999999e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.65 
 
 
418 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.8 
 
 
491 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.18 
 
 
471 aa  357  2.9999999999999997e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.67 
 
 
443 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.32 
 
 
453 aa  356  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.32 
 
 
453 aa  356  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  44.47 
 
 
418 aa  356  5e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.37 
 
 
480 aa  356  5e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.32 
 
 
453 aa  356  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  44.16 
 
 
460 aa  356  5e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.32 
 
 
453 aa  356  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.36 
 
 
494 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.14 
 
 
423 aa  356  5.999999999999999e-97  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.32 
 
 
453 aa  356  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.24 
 
 
511 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  47.59 
 
 
495 aa  355  6.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  43.44 
 
 
639 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0874  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.45 
 
 
471 aa  355  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.84 
 
 
418 aa  355  1e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.59 
 
 
525 aa  354  1e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.51 
 
 
463 aa  355  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.57 
 
 
626 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.68 
 
 
485 aa  353  2e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.02 
 
 
448 aa  354  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.22 
 
 
485 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  48.76 
 
 
516 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45 
 
 
463 aa  354  2e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  43.37 
 
 
477 aa  354  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.22 
 
 
485 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  47.22 
 
 
485 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.22 
 
 
485 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.17 
 
 
577 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.17 
 
 
578 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.22 
 
 
485 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  43.41 
 
 
635 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.24 
 
 
497 aa  353  4e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.05 
 
 
480 aa  353  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.97 
 
 
452 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.05 
 
 
479 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.98 
 
 
383 aa  351  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.06 
 
 
454 aa  350  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  47.81 
 
 
445 aa  351  2e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  48.06 
 
 
454 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>