More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2715 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2715  putative ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 		 434 aa  863    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.511993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0927  DEAD/DEAH box helicase-like  65.78 
 
 		 445 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.220122 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0359  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.24 
 
 		 453 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.992502  normal  0.993295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2476  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.9 
 
 		 461 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.753535  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0819  DEAD/DEAH box helicase  59.9 
 
 		 461 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1743  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.55 
 
 		 479 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.236928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.6 
 
 		 567 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0115  DEAD/DEAH box helicase-like  61.25 
 
 		 451 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.45 
 
 		 498 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.05 
 
 		 580 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  52.75 
 
 		 484 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.39 
 
 		 459 aa  398  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.03 
 
 		 559 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  53.49 
 
 		 498 aa  389  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.57 
 
 		 439 aa  384  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  48.62 
 
 		 491 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.34 
 
 		 474 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.35 
 
 		 506 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  47.29 
 
 		 476 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  46.5 
 
 		 477 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.38 
 
 		 452 aa  379  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0874  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.11 
 
 		 471 aa  375  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 499 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.04 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.26 
 
 		 510 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.8 
 
 		 506 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2139  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.82 
 
 		 464 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  51.51 
 
 		 481 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  49.05 
 
 		 482 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.26 
 
 		 510 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.79 
 
 		 448 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  52.73 
 
 		 469 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.33 
 
 		 479 aa  369  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1052  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.07 
 
 		 535 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1017  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.07 
 
 		 535 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.15 
 
 		 479 aa  368  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.32 
 
 		 492 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.89 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.23 
 
 		 452 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.21 
 
 		 423 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.12 
 
 		 511 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  45.72 
 
 		 418 aa  363  4e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.22 
 
 		 525 aa  363  4e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.13 
 
 		 418 aa  362  6e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.3 
 
 		 513 aa  360  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.42 
 
 		 494 aa  359  5e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.5 
 
 		 428 aa  359  6e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.63 
 
 		 437 aa  359  6e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.68 
 
 		 480 aa  358  9e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.73 
 
 		 448 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.84 
 
 		 496 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.49 
 
 		 453 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  43.67 
 
 		 446 aa  355  5.999999999999999e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.88 
 
 		 485 aa  355  8.999999999999999e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.32 
 
 		 463 aa  355  8.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.18 
 
 		 463 aa  355  1e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.41 
 
 		 418 aa  354  2e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.48 
 
 		 423 aa  353  2.9999999999999997e-96  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.95 
 
 		 514 aa  353  4e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.04 
 
 		 443 aa  353  5e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  43.15 
 
 		 445 aa  352  8.999999999999999e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.65 
 
 		 418 aa  351  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.39 
 
 		 497 aa  349  5e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.17 
 
 		 418 aa  348  1e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.77 
 
 		 462 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.88 
 
 		 383 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  53.33 
 
 		 393 aa  348  1e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.34 
 
 		 526 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.34 
 
 		 515 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.34 
 
 		 525 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.34 
 
 		 525 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.78 
 
 		 515 aa  346  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.62 
 
 		 550 aa  346  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.25 
 
 		 456 aa  346  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.73 
 
 		 543 aa  346  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.56 
 
 		 491 aa  346  6e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.41 
 
 		 453 aa  346  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  47.8 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.8 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.63 
 
 		 479 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.8 
 
 		 454 aa  344  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.8 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.8 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.8 
 
 		 455 aa  345  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.1 
 
 		 578 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  47.8 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.99 
 
 		 549 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.92 
 
 		 477 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.68 
 
 		 471 aa  344  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.94 
 
 		 506 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.56 
 
 		 626 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.75 
 
 		 480 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.53 
 
 		 454 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.32 
 
 		 485 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.3 
 
 		 522 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.74 
 
 		 549 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.32 
 
 		 485 aa  343  4e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.32 
 
 		 485 aa  343  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.32 
 
 		 485 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>