More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2108 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  81.82 
 
 
418 aa  715    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  78.23 
 
 
418 aa  679    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  78.71 
 
 
418 aa  678    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
418 aa  855    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  79.67 
 
 
418 aa  685    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  86.36 
 
 
418 aa  731    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  72.42 
 
 
446 aa  629  1e-179  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.87 
 
 
383 aa  565  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  71.24 
 
 
485 aa  551  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.37 
 
 
437 aa  538  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.85 
 
 
492 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.61 
 
 
497 aa  487  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.49 
 
 
415 aa  475  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  62.37 
 
 
424 aa  474  1e-132  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.02 
 
 
439 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.1 
 
 
428 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56 
 
 
463 aa  451  1e-125  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  55.78 
 
 
482 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  56.23 
 
 
491 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.1 
 
 
423 aa  442  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.07 
 
 
510 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  55.34 
 
 
476 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.5 
 
 
514 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  56.56 
 
 
469 aa  438  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.7 
 
 
506 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53 
 
 
474 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.07 
 
 
510 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.07 
 
 
506 aa  434  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  54.36 
 
 
477 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.42 
 
 
426 aa  429  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.66 
 
 
601 aa  425  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.45 
 
 
499 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  54.91 
 
 
481 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.64 
 
 
506 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.86 
 
 
479 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.36 
 
 
513 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  55.98 
 
 
398 aa  424  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  52.42 
 
 
574 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.4 
 
 
494 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.49 
 
 
448 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.82 
 
 
599 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.22 
 
 
491 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  53.49 
 
 
629 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.05 
 
 
598 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.96 
 
 
578 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.47 
 
 
559 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  53.49 
 
 
629 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.07 
 
 
550 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  51.49 
 
 
557 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.95 
 
 
496 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.7 
 
 
540 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.31 
 
 
463 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.16 
 
 
533 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.96 
 
 
577 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.95 
 
 
479 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  53.75 
 
 
485 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  53.75 
 
 
485 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  54.8 
 
 
453 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.75 
 
 
485 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
526 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  54.61 
 
 
477 aa  413  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  53.75 
 
 
485 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  52.96 
 
 
622 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.21 
 
 
581 aa  411  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  55.23 
 
 
445 aa  413  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.79 
 
 
515 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  53.75 
 
 
485 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
525 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.85 
 
 
511 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
525 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.13 
 
 
628 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.6 
 
 
630 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.12 
 
 
626 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.95 
 
 
480 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  55.71 
 
 
506 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  50.37 
 
 
635 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  55.95 
 
 
484 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.35 
 
 
488 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.16 
 
 
476 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.23 
 
 
515 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.23 
 
 
515 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.16 
 
 
477 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  55.95 
 
 
486 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.57 
 
 
455 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  50.37 
 
 
639 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.95 
 
 
486 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.95 
 
 
486 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.77 
 
 
626 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  50.92 
 
 
540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.1 
 
 
522 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.13 
 
 
522 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.8 
 
 
482 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  54.35 
 
 
429 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  51.69 
 
 
579 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  55.26 
 
 
543 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.65 
 
 
480 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.11 
 
 
627 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.69 
 
 
571 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.26 
 
 
515 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.62 
 
 
477 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>