More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3476 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
437 aa  895    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  73.09 
 
 
485 aa  577  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.18 
 
 
383 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  64.58 
 
 
446 aa  548  1e-155  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.04 
 
 
492 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.37 
 
 
418 aa  538  9.999999999999999e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.31 
 
 
418 aa  535  1e-151  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.35 
 
 
418 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.01 
 
 
418 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.31 
 
 
418 aa  529  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  63.97 
 
 
418 aa  528  1e-148  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.67 
 
 
428 aa  479  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  54.92 
 
 
424 aa  478  1e-134  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.54 
 
 
497 aa  476  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.79 
 
 
439 aa  456  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.15 
 
 
415 aa  454  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.27 
 
 
463 aa  450  1e-125  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.22 
 
 
423 aa  448  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.66 
 
 
514 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.7 
 
 
506 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.07 
 
 
510 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.07 
 
 
510 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.07 
 
 
506 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.21 
 
 
599 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.32 
 
 
494 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 
448 aa  431  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  57.03 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.03 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  57.03 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
513 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  57.03 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  56.84 
 
 
486 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.03 
 
 
480 aa  425  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  57.03 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.84 
 
 
486 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.96 
 
 
581 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.84 
 
 
486 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
491 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  56.06 
 
 
506 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  56.22 
 
 
484 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.53 
 
 
482 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.84 
 
 
522 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.57 
 
 
488 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.98 
 
 
506 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.3 
 
 
479 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.3 
 
 
480 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  49.56 
 
 
639 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  50 
 
 
635 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.86 
 
 
626 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  51.51 
 
 
540 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.86 
 
 
627 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.38 
 
 
630 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  51.13 
 
 
476 aa  421  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.07 
 
 
578 aa  419  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.86 
 
 
626 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.07 
 
 
577 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.8 
 
 
499 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  50.34 
 
 
491 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.95 
 
 
474 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.3 
 
 
628 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  53.73 
 
 
482 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  51.03 
 
 
477 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.87 
 
 
540 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.91 
 
 
560 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.86 
 
 
598 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  50.11 
 
 
557 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.87 
 
 
601 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.49 
 
 
525 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.47 
 
 
511 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.65 
 
 
479 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.86 
 
 
559 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.65 
 
 
515 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.49 
 
 
526 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.49 
 
 
525 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  57.14 
 
 
398 aa  417  9.999999999999999e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.38 
 
 
571 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.49 
 
 
515 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  53.63 
 
 
579 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  57.33 
 
 
543 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.06 
 
 
476 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.65 
 
 
565 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  57.26 
 
 
473 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.56 
 
 
456 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.8 
 
 
477 aa  415  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  54.84 
 
 
629 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.12 
 
 
629 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  55.11 
 
 
622 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.46 
 
 
455 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.2 
 
 
462 aa  414  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.02 
 
 
533 aa  414  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.1 
 
 
426 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.93 
 
 
454 aa  408  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  51.64 
 
 
574 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  55.59 
 
 
481 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.01 
 
 
452 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.45 
 
 
550 aa  411  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.32 
 
 
578 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.46 
 
 
477 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.47 
 
 
453 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.97 
 
 
479 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>