More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5853 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
501 aa  979    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  72.05 
 
 
449 aa  546  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.18 
 
 
461 aa  487  1e-136  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.26 
 
 
469 aa  487  1e-136  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.77 
 
 
571 aa  475  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.38 
 
 
502 aa  463  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  54.66 
 
 
741 aa  450  1e-125  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.96 
 
 
489 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.06 
 
 
462 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.56 
 
 
854 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.93 
 
 
566 aa  424  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.71 
 
 
544 aa  409  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.96 
 
 
530 aa  407  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.36 
 
 
474 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.59 
 
 
453 aa  395  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.01 
 
 
467 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.5 
 
 
635 aa  389  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  57.53 
 
 
498 aa  385  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.77 
 
 
508 aa  387  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.43 
 
 
443 aa  382  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.68 
 
 
631 aa  384  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.79 
 
 
507 aa  383  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.44 
 
 
392 aa  379  1e-104  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.25 
 
 
468 aa  375  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  53.3 
 
 
573 aa  377  1e-103  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.5 
 
 
503 aa  375  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.06 
 
 
444 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.06 
 
 
444 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.06 
 
 
444 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.87 
 
 
491 aa  375  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.95 
 
 
491 aa  371  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.57 
 
 
551 aa  362  1e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.49 
 
 
476 aa  361  1e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.59 
 
 
507 aa  360  2e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.93 
 
 
636 aa  360  3e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  50.79 
 
 
512 aa  352  7e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  50.77 
 
 
456 aa  351  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  44.62 
 
 
607 aa  349  7e-95  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.12 
 
 
590 aa  341  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  44.35 
 
 
728 aa  338  9.999999999999999e-92  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.6 
 
 
446 aa  334  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  43.11 
 
 
540 aa  301  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.29 
 
 
441 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.06 
 
 
560 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.06 
 
 
565 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.05 
 
 
467 aa  296  7e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.39 
 
 
540 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.1 
 
 
497 aa  294  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.67 
 
 
425 aa  293  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.17 
 
 
626 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.4 
 
 
515 aa  292  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.4 
 
 
515 aa  292  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.33 
 
 
626 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3984  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.51 
 
 
519 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.950119 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.51 
 
 
519 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.807247 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.4 
 
 
485 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.4 
 
 
485 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.4 
 
 
485 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  42.4 
 
 
485 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.4 
 
 
485 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.18 
 
 
506 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.62 
 
 
482 aa  289  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.34 
 
 
630 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.06 
 
 
514 aa  289  8e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.09 
 
 
627 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.18 
 
 
480 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.71 
 
 
559 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.7 
 
 
629 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.78 
 
 
537 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  44.2 
 
 
420 aa  287  2.9999999999999996e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.36 
 
 
545 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.2 
 
 
411 aa  287  2.9999999999999996e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.17 
 
 
471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  42.98 
 
 
557 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.21 
 
 
504 aa  286  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  42.86 
 
 
629 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.44 
 
 
510 aa  286  5.999999999999999e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.16 
 
 
423 aa  286  5.999999999999999e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4464  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.23 
 
 
501 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  42.59 
 
 
477 aa  286  7e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
488 aa  285  9e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
678 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  43.61 
 
 
484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
526 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
479 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.29 
 
 
515 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.93 
 
 
480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  42.42 
 
 
622 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.44 
 
 
463 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0874  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.13 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  37.76 
 
 
639 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.61 
 
 
480 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.33 
 
 
418 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  43.21 
 
 
579 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.33 
 
 
418 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.61 
 
 
486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.61 
 
 
486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.29 
 
 
589 aa  284  3.0000000000000004e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>