More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_22250 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  100 
 
 
573 aa  1094    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.47 
 
 
507 aa  540  9.999999999999999e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  71.15 
 
 
474 aa  524  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.32 
 
 
530 aa  518  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  66.06 
 
 
498 aa  508  9.999999999999999e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.77 
 
 
491 aa  490  1e-137  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.23 
 
 
392 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.53 
 
 
453 aa  462  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.89 
 
 
444 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.89 
 
 
444 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.89 
 
 
444 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.47 
 
 
635 aa  460  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.47 
 
 
631 aa  457  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.24 
 
 
443 aa  458  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.66 
 
 
468 aa  455  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.4 
 
 
503 aa  455  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.18 
 
 
467 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  63.64 
 
 
512 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  60.26 
 
 
456 aa  450  1e-125  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.03 
 
 
636 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.3 
 
 
551 aa  444  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.02 
 
 
491 aa  443  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.89 
 
 
476 aa  434  1e-120  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  52.28 
 
 
607 aa  409  1e-113  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 
571 aa  404  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  43.03 
 
 
728 aa  402  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  51.82 
 
 
741 aa  381  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  53.02 
 
 
449 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.3 
 
 
501 aa  374  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.15 
 
 
469 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.03 
 
 
461 aa  367  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.62 
 
 
508 aa  362  1e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.42 
 
 
489 aa  353  7e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.14 
 
 
462 aa  352  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.56 
 
 
544 aa  350  3e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.98 
 
 
854 aa  350  6e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.41 
 
 
502 aa  347  3e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.82 
 
 
590 aa  342  8e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.23 
 
 
566 aa  330  6e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.95 
 
 
507 aa  327  5e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.08 
 
 
446 aa  322  8e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  38.21 
 
 
543 aa  296  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.41 
 
 
423 aa  296  9e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.04 
 
 
467 aa  294  4e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.99 
 
 
448 aa  292  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.94 
 
 
439 aa  292  1e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.06 
 
 
480 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.83 
 
 
515 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.35 
 
 
418 aa  286  8e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.01 
 
 
418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.12 
 
 
492 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.51 
 
 
540 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  41.3 
 
 
622 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  42.16 
 
 
418 aa  283  5.000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  42.09 
 
 
446 aa  282  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.28 
 
 
418 aa  282  1e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.37 
 
 
506 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.33 
 
 
626 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.62 
 
 
626 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.09 
 
 
466 aa  281  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.76 
 
 
629 aa  281  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.36 
 
 
418 aa  281  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.47 
 
 
480 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  40.76 
 
 
629 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  37.92 
 
 
398 aa  280  5e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  40.56 
 
 
639 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.58 
 
 
479 aa  280  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.81 
 
 
627 aa  280  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  42.23 
 
 
574 aa  279  9e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0754  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.85 
 
 
447 aa  279  9e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  39.29 
 
 
424 aa  278  1e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  40.31 
 
 
635 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  35.59 
 
 
463 aa  279  1e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.64 
 
 
426 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.19 
 
 
485 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.76 
 
 
628 aa  278  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  40.92 
 
 
540 aa  278  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.19 
 
 
486 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
630 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.93 
 
 
418 aa  277  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  42.19 
 
 
486 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.21 
 
 
618 aa  277  4e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.92 
 
 
480 aa  277  4e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.19 
 
 
486 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.24 
 
 
441 aa  277  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.31 
 
 
599 aa  277  4e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.19 
 
 
485 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.19 
 
 
485 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  42.19 
 
 
485 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.19 
 
 
485 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.53 
 
 
598 aa  276  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.92 
 
 
565 aa  276  9e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.34 
 
 
482 aa  276  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.95 
 
 
497 aa  276  9e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  40.38 
 
 
557 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  42.35 
 
 
484 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.22 
 
 
451 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.25 
 
 
593 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.92 
 
 
479 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.92 
 
 
560 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>