More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1127 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 
607 aa  1250    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  59.54 
 
 
728 aa  506  9.999999999999999e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.84 
 
 
491 aa  443  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.14 
 
 
474 aa  428  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.66 
 
 
530 aa  422  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.87 
 
 
468 aa  412  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.75 
 
 
635 aa  409  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.25 
 
 
631 aa  406  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  54.62 
 
 
573 aa  405  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.2 
 
 
476 aa  403  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.37 
 
 
443 aa  403  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.55 
 
 
444 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.55 
 
 
444 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.55 
 
 
444 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.5 
 
 
456 aa  395  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.29 
 
 
636 aa  394  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.15 
 
 
392 aa  389  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.89 
 
 
503 aa  389  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.18 
 
 
512 aa  390  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.17 
 
 
453 aa  376  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.05 
 
 
551 aa  376  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.68 
 
 
498 aa  370  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.47 
 
 
491 aa  366  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.93 
 
 
507 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.12 
 
 
461 aa  364  3e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.19 
 
 
571 aa  364  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.63 
 
 
741 aa  363  4e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.11 
 
 
467 aa  363  7.0000000000000005e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.94 
 
 
469 aa  356  6.999999999999999e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.52 
 
 
502 aa  349  7e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.65 
 
 
501 aa  349  1e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  46.84 
 
 
449 aa  343  5.999999999999999e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.42 
 
 
854 aa  341  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.21 
 
 
462 aa  329  1.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.41 
 
 
489 aa  329  1.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.1 
 
 
566 aa  326  1e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.5 
 
 
508 aa  323  7e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.09 
 
 
590 aa  320  3.9999999999999996e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.83 
 
 
544 aa  316  7e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.59 
 
 
446 aa  305  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  41.12 
 
 
507 aa  286  9e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1200  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.01 
 
 
565 aa  268  2e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0324771  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2906  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
580 aa  263  6.999999999999999e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.109647  normal  0.0319013 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.35 
 
 
499 aa  263  8e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.27 
 
 
503 aa  261  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.05 
 
 
565 aa  262  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  44.26 
 
 
374 aa  258  3e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0774  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.86 
 
 
605 aa  256  6e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11320  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.03 
 
 
582 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.381496  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3809  DEAD/DEAH box helicase-like  42.82 
 
 
649 aa  254  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.130283  normal  0.862178 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.79 
 
 
591 aa  252  2e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.47 
 
 
536 aa  251  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00868437  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3515  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.87 
 
 
543 aa  251  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.394207  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1393  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.83 
 
 
507 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.83 
 
 
507 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.58 
 
 
598 aa  249  1e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0648201  hitchhiker  0.00334068 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1447  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.83 
 
 
507 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.566977  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.87 
 
 
467 aa  248  2e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  39.62 
 
 
593 aa  248  3e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  39.12 
 
 
697 aa  248  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06650  DNA/RNA helicase, superfamily II  39.45 
 
 
559 aa  248  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.99 
 
 
451 aa  247  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2167  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.27 
 
 
586 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230616  decreased coverage  0.0000613257 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.52 
 
 
529 aa  244  3e-63  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13237  ATP-dependent RNA helicase rhlE  39.89 
 
 
527 aa  244  3e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.462148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  37.6 
 
 
622 aa  244  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.86 
 
 
544 aa  243  5e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.61 
 
 
497 aa  243  6e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15280  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.63 
 
 
611 aa  243  7e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.170483  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3832  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.56 
 
 
516 aa  242  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.425556 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.29 
 
 
618 aa  243  1e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4676  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.92 
 
 
505 aa  241  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278319  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.27 
 
 
611 aa  242  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.214353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.34 
 
 
448 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0824  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.33 
 
 
609 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920736  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1791  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.92 
 
 
494 aa  242  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.274461  normal  0.240884 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0754  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.68 
 
 
447 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0916  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.13 
 
 
671 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0853384  normal  0.398163 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.29 
 
 
480 aa  241  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2505  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.8 
 
 
561 aa  240  5e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000169181 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.33 
 
 
471 aa  240  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048644  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.88 
 
 
439 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.04 
 
 
628 aa  239  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  36.51 
 
 
557 aa  239  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.28 
 
 
447 aa  238  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2785  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.19 
 
 
585 aa  239  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.123972  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.66 
 
 
467 aa  238  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  36.78 
 
 
484 aa  237  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.86 
 
 
453 aa  238  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.756474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  38.29 
 
 
460 aa  237  6e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.95 
 
 
443 aa  236  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.51 
 
 
626 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.51 
 
 
627 aa  236  9e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  36.51 
 
 
629 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.51 
 
 
629 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.1 
 
 
506 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.74 
 
 
479 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  36.29 
 
 
543 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.03 
 
 
626 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  36.29 
 
 
445 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>