More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3293 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  70.22 
 
 
447 aa  637    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  90.97 
 
 
453 aa  822    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.756474 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
471 aa  956    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  75.23 
 
 
451 aa  646    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.43 
 
 
447 aa  642    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000930018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  75.78 
 
 
439 aa  617  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0754  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.86 
 
 
447 aa  600  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0570  DNA/RNA helicase  65.34 
 
 
432 aa  552  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1278000000000002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.11 
 
 
467 aa  511  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.25 
 
 
450 aa  511  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000132586  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2349  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.48 
 
 
425 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180837  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0183  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  57.22 
 
 
560 aa  471  1e-132  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.475928  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1998  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.63 
 
 
444 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_172  hypothetical protein  56.95 
 
 
561 aa  468  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000114775  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1190  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.68 
 
 
462 aa  448  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00107478 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0169  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.22 
 
 
561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000471101  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.49 
 
 
403 aa  422  1e-117  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2480  DEAD/DEAH box helicase-like  55.75 
 
 
530 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.045241  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.46 
 
 
506 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.73 
 
 
403 aa  384  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0287382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.27 
 
 
540 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.9 
 
 
525 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.02 
 
 
515 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.21 
 
 
525 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.95 
 
 
526 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.74 
 
 
565 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.95 
 
 
477 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.48 
 
 
560 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  49.48 
 
 
540 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  46.49 
 
 
460 aa  372  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.52 
 
 
550 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.89 
 
 
510 aa  374  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.08 
 
 
549 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.79 
 
 
480 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 
494 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.49 
 
 
535 aa  372  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.31 
 
 
479 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  49.37 
 
 
477 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.1 
 
 
511 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.88 
 
 
549 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0943  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.01 
 
 
409 aa  371  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.59 
 
 
578 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.13 
 
 
513 aa  368  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  47.38 
 
 
445 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.08 
 
 
543 aa  369  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.08 
 
 
515 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.83 
 
 
496 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.14 
 
 
462 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.02 
 
 
571 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  48.02 
 
 
579 aa  365  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  47.55 
 
 
484 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.94 
 
 
577 aa  363  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.94 
 
 
578 aa  363  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.88 
 
 
482 aa  363  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  47.44 
 
 
574 aa  363  3e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.15 
 
 
480 aa  363  3e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.15 
 
 
486 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  48.15 
 
 
486 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.15 
 
 
486 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  46.52 
 
 
398 aa  363  5.0000000000000005e-99  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.64 
 
 
469 aa  362  8e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.63 
 
 
485 aa  362  8e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.29 
 
 
492 aa  362  9e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.76 
 
 
477 aa  362  9e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  46.63 
 
 
485 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.63 
 
 
485 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.63 
 
 
485 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.63 
 
 
485 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.28 
 
 
443 aa  362  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.21 
 
 
463 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.53 
 
 
599 aa  362  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.75 
 
 
522 aa  361  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.49 
 
 
476 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.55 
 
 
473 aa  358  9e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.17 
 
 
545 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.48 
 
 
456 aa  358  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.29 
 
 
488 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.62 
 
 
581 aa  356  3.9999999999999996e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.75 
 
 
452 aa  356  5e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  40.57 
 
 
495 aa  356  5.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.47 
 
 
491 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.3 
 
 
479 aa  355  7.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.56 
 
 
451 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.56 
 
 
451 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
453 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
453 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
453 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
453 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
453 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.28 
 
 
425 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  43.04 
 
 
516 aa  353  2.9999999999999997e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.75 
 
 
455 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.46 
 
 
515 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.46 
 
 
515 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
454 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  47.03 
 
 
435 aa  352  7e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
454 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  46.95 
 
 
454 aa  352  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.95 
 
 
454 aa  352  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.95 
 
 
455 aa  352  1e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>