More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_172 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0183  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  83.78 
 
 
560 aa  961    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.475928  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0169  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  90.55 
 
 
561 aa  1015    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000471101  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_172  hypothetical protein  100 
 
 
561 aa  1155    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000114775  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.7 
 
 
447 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000930018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.36 
 
 
439 aa  474  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.96 
 
 
447 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.59 
 
 
451 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.95 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048644  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.68 
 
 
453 aa  463  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.756474 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0570  DNA/RNA helicase  54.61 
 
 
432 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1278000000000002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.73 
 
 
467 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0754  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.95 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.9 
 
 
450 aa  436  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000132586  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2349  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.27 
 
 
425 aa  434  1e-120  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1998  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 
444 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.92 
 
 
403 aa  395  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1190  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.73 
 
 
462 aa  389  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00107478 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2480  DEAD/DEAH box helicase-like  48.67 
 
 
530 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.045241  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.91 
 
 
571 aa  356  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.2 
 
 
494 aa  355  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.04 
 
 
403 aa  353  5e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0287382 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  43.46 
 
 
460 aa  347  3e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.74 
 
 
526 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.74 
 
 
525 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.74 
 
 
525 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.74 
 
 
515 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.25 
 
 
441 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  44.33 
 
 
579 aa  345  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.28 
 
 
477 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.58 
 
 
578 aa  345  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.5 
 
 
550 aa  345  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0943  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.84 
 
 
409 aa  344  2.9999999999999997e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.99 
 
 
513 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  45.36 
 
 
506 aa  343  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.33 
 
 
549 aa  343  5e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.94 
 
 
540 aa  343  5.999999999999999e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.47 
 
 
433 aa  342  8e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.58 
 
 
491 aa  342  9e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
549 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.24 
 
 
577 aa  341  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.24 
 
 
578 aa  341  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.58 
 
 
535 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.99 
 
 
471 aa  340  5e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  42.53 
 
 
510 aa  340  5e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.09 
 
 
456 aa  338  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.56 
 
 
452 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.53 
 
 
438 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44.06 
 
 
543 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.21 
 
 
435 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.83 
 
 
462 aa  337  3.9999999999999995e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  43.32 
 
 
398 aa  336  5e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.93 
 
 
455 aa  337  5e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.54 
 
 
477 aa  336  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.21 
 
 
432 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  43.65 
 
 
574 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.5 
 
 
522 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 
432 aa  335  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.47 
 
 
599 aa  335  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.65 
 
 
485 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  43.65 
 
 
485 aa  335  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  44.44 
 
 
484 aa  335  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.65 
 
 
485 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.65 
 
 
485 aa  335  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.65 
 
 
485 aa  335  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
480 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.72 
 
 
471 aa  334  2e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
479 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
486 aa  334  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.27 
 
 
515 aa  334  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.92 
 
 
480 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.57 
 
 
511 aa  334  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.57 
 
 
489 aa  333  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.14 
 
 
432 aa  333  4e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44.44 
 
 
486 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.54 
 
 
476 aa  333  4e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
454 aa  333  4e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
486 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.65 
 
 
482 aa  333  6e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.39 
 
 
581 aa  333  6e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.18 
 
 
598 aa  332  8e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  44.3 
 
 
454 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
455 aa  332  8e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
454 aa  332  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.46 
 
 
565 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.57 
 
 
488 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0145  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.88 
 
 
446 aa  332  1e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  44.27 
 
 
445 aa  332  1e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0886  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.81 
 
 
433 aa  331  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.65 
 
 
507 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.73 
 
 
452 aa  331  3e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.32 
 
 
411 aa  331  3e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  41.32 
 
 
420 aa  331  3e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  43.46 
 
 
540 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.85 
 
 
469 aa  330  5.0000000000000004e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.39 
 
 
436 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>