More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_33700 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  100 
 
 
512 aa  1003    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.39 
 
 
503 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  71.12 
 
 
636 aa  544  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.62 
 
 
474 aa  540  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  68.11 
 
 
456 aa  536  1e-151  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67 
 
 
530 aa  531  1e-150  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.2 
 
 
491 aa  526  1e-148  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.86 
 
 
468 aa  512  1e-144  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.37 
 
 
443 aa  511  1e-144  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.87 
 
 
444 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.36 
 
 
631 aa  509  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  59.87 
 
 
444 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.87 
 
 
444 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.81 
 
 
551 aa  504  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.22 
 
 
476 aa  497  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.91 
 
 
635 aa  496  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  61.89 
 
 
573 aa  469  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.5 
 
 
392 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.3 
 
 
507 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.4 
 
 
453 aa  443  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.54 
 
 
467 aa  437  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  59.78 
 
 
498 aa  424  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  45.51 
 
 
728 aa  422  1e-117  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.37 
 
 
491 aa  404  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  48.78 
 
 
607 aa  402  1e-111  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.77 
 
 
449 aa  382  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.51 
 
 
571 aa  380  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  51.02 
 
 
741 aa  375  1e-103  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.93 
 
 
501 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.39 
 
 
508 aa  365  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.62 
 
 
544 aa  366  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.03 
 
 
502 aa  364  2e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.32 
 
 
461 aa  360  4e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.97 
 
 
469 aa  359  7e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.84 
 
 
462 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.58 
 
 
489 aa  351  1e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.14 
 
 
446 aa  351  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.57 
 
 
854 aa  333  6e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.6 
 
 
566 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.48 
 
 
507 aa  322  8e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.55 
 
 
590 aa  315  1.9999999999999998e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  49.84 
 
 
374 aa  293  4e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.31 
 
 
513 aa  290  6e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 
494 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  37.29 
 
 
446 aa  281  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.31 
 
 
448 aa  282  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  39.36 
 
 
540 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.75 
 
 
423 aa  281  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.78 
 
 
565 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.97 
 
 
544 aa  279  9e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.73 
 
 
560 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.47 
 
 
540 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.11 
 
 
499 aa  278  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.02 
 
 
463 aa  277  3e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.4 
 
 
593 aa  277  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.45 
 
 
511 aa  277  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0570  DNA/RNA helicase  39.21 
 
 
432 aa  276  5e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1278000000000002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.36 
 
 
452 aa  276  7e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.02 
 
 
497 aa  276  8e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.87 
 
 
459 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.74 
 
 
506 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  40.58 
 
 
485 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  40.58 
 
 
485 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  40.58 
 
 
485 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.58 
 
 
485 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  40.58 
 
 
485 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  35.04 
 
 
495 aa  273  5.000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  34.69 
 
 
480 aa  273  5.000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  40.48 
 
 
445 aa  273  6e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.96 
 
 
506 aa  273  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.93 
 
 
629 aa  273  7e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  39.12 
 
 
622 aa  273  7e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.4 
 
 
499 aa  271  1e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  37.67 
 
 
476 aa  271  2e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.55 
 
 
423 aa  271  2e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
480 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  40.89 
 
 
543 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 
522 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  37.62 
 
 
629 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.5 
 
 
514 aa  270  5e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.63 
 
 
453 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 
454 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 
454 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  39.89 
 
 
454 aa  270  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.89 
 
 
454 aa  270  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 
455 aa  270  7e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  39.89 
 
 
454 aa  270  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 
454 aa  270  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 
454 aa  270  7e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.47 
 
 
503 aa  269  8e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.63 
 
 
453 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.63 
 
 
453 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.63 
 
 
453 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.26 
 
 
488 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.06 
 
 
628 aa  269  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.53 
 
 
451 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.63 
 
 
453 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.07 
 
 
452 aa  269  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.26 
 
 
439 aa  269  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.99 
 
 
626 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>