More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4202 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
467 aa  903    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  88.28 
 
 
453 aa  711    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.49 
 
 
507 aa  498  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.8 
 
 
474 aa  477  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.37 
 
 
530 aa  468  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  61.46 
 
 
498 aa  457  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  61.18 
 
 
573 aa  452  1.0000000000000001e-126  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.84 
 
 
491 aa  449  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.26 
 
 
444 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.26 
 
 
444 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.26 
 
 
444 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.78 
 
 
551 aa  428  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.36 
 
 
392 aa  422  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.18 
 
 
636 aa  424  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.33 
 
 
503 aa  422  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  57.51 
 
 
512 aa  418  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.19 
 
 
443 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.65 
 
 
635 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.77 
 
 
456 aa  414  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.91 
 
 
631 aa  410  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.27 
 
 
468 aa  410  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.09 
 
 
491 aa  404  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.18 
 
 
501 aa  392  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.2 
 
 
449 aa  386  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.74 
 
 
476 aa  385  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.51 
 
 
571 aa  376  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.77 
 
 
502 aa  372  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.85 
 
 
469 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.37 
 
 
461 aa  365  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  45.08 
 
 
607 aa  365  1e-100  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  51.48 
 
 
741 aa  363  3e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.06 
 
 
508 aa  354  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  48.76 
 
 
728 aa  347  3e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.49 
 
 
854 aa  345  8e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.38 
 
 
489 aa  335  1e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.08 
 
 
462 aa  333  3e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.73 
 
 
544 aa  333  3e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.64 
 
 
590 aa  331  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.73 
 
 
566 aa  318  1e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.99 
 
 
446 aa  312  6.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.01 
 
 
507 aa  308  2.0000000000000002e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.28 
 
 
448 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.36 
 
 
503 aa  281  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  41.94 
 
 
697 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1447  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.8 
 
 
507 aa  276  5e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.566977  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1393  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.71 
 
 
507 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.71 
 
 
507 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0570  DNA/RNA helicase  44.32 
 
 
432 aa  272  8.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1278000000000002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.75 
 
 
471 aa  272  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.47 
 
 
565 aa  271  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.31 
 
 
479 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.85 
 
 
525 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.18 
 
 
445 aa  270  4e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.37 
 
 
467 aa  270  5e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2167  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.77 
 
 
586 aa  269  8e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230616  decreased coverage  0.0000613257 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  37.45 
 
 
477 aa  269  8.999999999999999e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  52.63 
 
 
374 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 
618 aa  266  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.63 
 
 
448 aa  266  4e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  41.53 
 
 
460 aa  267  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.67 
 
 
423 aa  266  7e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.82 
 
 
466 aa  266  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.37 
 
 
499 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.45 
 
 
479 aa  265  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.32 
 
 
452 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.32 
 
 
591 aa  265  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  41.74 
 
 
593 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0145  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.09 
 
 
446 aa  265  2e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  39.24 
 
 
460 aa  265  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.58 
 
 
499 aa  265  2e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.23 
 
 
513 aa  264  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.96 
 
 
497 aa  264  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.54 
 
 
447 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.66 
 
 
526 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  38.9 
 
 
516 aa  263  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.06 
 
 
463 aa  263  6e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0824  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.28 
 
 
609 aa  262  8.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.38 
 
 
496 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.29 
 
 
439 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1791  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.91 
 
 
494 aa  262  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.274461  normal  0.240884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.53 
 
 
515 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.66 
 
 
491 aa  261  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2573  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.55 
 
 
451 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0628194  normal  0.940569 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0163  ATP-dependent RNA helicase  42.82 
 
 
446 aa  260  3e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1200  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.54 
 
 
565 aa  260  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0324771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.61 
 
 
525 aa  260  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.61 
 
 
525 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.89 
 
 
535 aa  259  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.06 
 
 
506 aa  259  7e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.55 
 
 
441 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.53 
 
 
423 aa  259  8e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.78 
 
 
507 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.27 
 
 
506 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.33 
 
 
494 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.47 
 
 
460 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3832  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.97 
 
 
516 aa  258  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.425556 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.29 
 
 
544 aa  258  2e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.26 
 
 
426 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.55 
 
 
540 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
504 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>