More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0603 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  100 
 
 
591 aa  1167    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.69 
 
 
538 aa  428  1e-118  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.240435  decreased coverage  0.00164487 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.86 
 
 
556 aa  410  1e-113  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15057  predicted protein  41.64 
 
 
654 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0252512  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_27821  predicted protein  40.81 
 
 
822 aa  343  5.999999999999999e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_24549  predicted protein  50 
 
 
346 aa  335  1e-90  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.546495 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 
533 aa  332  2e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.52 
 
 
584 aa  327  3e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.28 
 
 
532 aa  327  5e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.35 
 
 
597 aa  325  2e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.7 
 
 
532 aa  323  8e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.01 
 
 
527 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.31 
 
 
747 aa  318  1e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.19 
 
 
557 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
557 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.26 
 
 
560 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
557 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  36.22 
 
 
656 aa  318  2e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
482 aa  317  3e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.02 
 
 
559 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  38.67 
 
 
572 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.02 
 
 
559 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.76 
 
 
602 aa  316  7e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.3 
 
 
589 aa  315  9.999999999999999e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.42 
 
 
560 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.37 
 
 
559 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  36.67 
 
 
530 aa  314  2.9999999999999996e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.24 
 
 
694 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.2 
 
 
731 aa  312  1e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.65 
 
 
624 aa  312  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.34 
 
 
640 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  44.72 
 
 
570 aa  312  1e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  43.41 
 
 
640 aa  311  2e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  43.73 
 
 
563 aa  311  2e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.34 
 
 
640 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.34 
 
 
640 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.34 
 
 
640 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.21 
 
 
527 aa  311  2e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1200  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.56 
 
 
565 aa  311  2e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0324771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
629 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.05 
 
 
564 aa  311  2e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
651 aa  311  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
651 aa  311  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.58 
 
 
651 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  38.14 
 
 
591 aa  310  4e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.96 
 
 
632 aa  310  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.02 
 
 
504 aa  310  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.79 
 
 
559 aa  310  5e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.31 
 
 
503 aa  310  5.9999999999999995e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.92 
 
 
625 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.96 
 
 
532 aa  310  5.9999999999999995e-83  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.07 
 
 
640 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.4 
 
 
531 aa  310  6.999999999999999e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.12 
 
 
655 aa  310  6.999999999999999e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43 
 
 
557 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  43 
 
 
557 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  43.19 
 
 
621 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  42.62 
 
 
574 aa  309  1.0000000000000001e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.49 
 
 
664 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.49 
 
 
664 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.61 
 
 
550 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  43 
 
 
562 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.58 
 
 
646 aa  308  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.49 
 
 
664 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  43.22 
 
 
607 aa  308  2.0000000000000002e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.12 
 
 
562 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  46.08 
 
 
593 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.96 
 
 
599 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.53 
 
 
629 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.86 
 
 
653 aa  307  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.05 
 
 
466 aa  307  3e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.53 
 
 
629 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.53 
 
 
629 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.53 
 
 
629 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  46.86 
 
 
561 aa  307  4.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.04 
 
 
539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  44.64 
 
 
499 aa  306  5.0000000000000004e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.36 
 
 
467 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.33 
 
 
618 aa  306  6e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.72 
 
 
550 aa  306  6e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  42.53 
 
 
629 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.77 
 
 
530 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.76 
 
 
541 aa  306  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.01 
 
 
595 aa  305  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.13 
 
 
589 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.72 
 
 
525 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  43.72 
 
 
525 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  41.35 
 
 
589 aa  304  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.53 
 
 
622 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3342  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.44 
 
 
607 aa  304  3.0000000000000004e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000502308  normal  0.0262189 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.53 
 
 
619 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3832  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.74 
 
 
516 aa  304  4.0000000000000003e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.425556 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  43.72 
 
 
528 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.11 
 
 
581 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  41.76 
 
 
636 aa  304  4.0000000000000003e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>