More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2865 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2865  helicase-like  100 
 
 
374 aa  723    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115235  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.21 
 
 
446 aa  516  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.55 
 
 
635 aa  311  2e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.3 
 
 
631 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.53 
 
 
571 aa  307  2.0000000000000002e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.85 
 
 
530 aa  305  6e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.47 
 
 
392 aa  297  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.84 
 
 
512 aa  294  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.78 
 
 
476 aa  288  1e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.44 
 
 
551 aa  287  2e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.42 
 
 
503 aa  287  2e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.03 
 
 
491 aa  287  2e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.39 
 
 
544 aa  286  4e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.31 
 
 
489 aa  285  9e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.68 
 
 
444 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 
444 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 
444 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.19 
 
 
474 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.39 
 
 
462 aa  280  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.91 
 
 
636 aa  280  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
468 aa  280  4e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.09 
 
 
508 aa  280  4e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.79 
 
 
469 aa  277  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.45 
 
 
461 aa  276  6e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  46.83 
 
 
456 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.49 
 
 
566 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  50.69 
 
 
573 aa  273  4.0000000000000004e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.85 
 
 
449 aa  272  5.000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.92 
 
 
443 aa  272  6e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.63 
 
 
467 aa  268  8.999999999999999e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.17 
 
 
501 aa  268  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.06 
 
 
507 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.77 
 
 
453 aa  266  4e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  46.75 
 
 
728 aa  266  4e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.92 
 
 
741 aa  265  7e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.8 
 
 
502 aa  264  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.83 
 
 
854 aa  263  3e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  44.26 
 
 
607 aa  258  8e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.34 
 
 
491 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  46.67 
 
 
498 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.2 
 
 
507 aa  245  6.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.13 
 
 
590 aa  241  2e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.2 
 
 
497 aa  216  5e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.7 
 
 
514 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  42.65 
 
 
445 aa  210  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.88 
 
 
499 aa  208  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2658  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.6 
 
 
399 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.919133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.21 
 
 
476 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.51 
 
 
466 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.19 
 
 
535 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  41.09 
 
 
540 aa  205  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.15 
 
 
451 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.15 
 
 
451 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.21 
 
 
477 aa  205  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  42.25 
 
 
574 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.13 
 
 
506 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.84 
 
 
482 aa  204  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.09 
 
 
513 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  38.17 
 
 
543 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.98 
 
 
480 aa  203  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7820  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.21 
 
 
795 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.29 
 
 
510 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.54 
 
 
452 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.29 
 
 
510 aa  203  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.25 
 
 
549 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.93 
 
 
506 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.14 
 
 
482 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.18 
 
 
494 aa  202  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.14 
 
 
485 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  41.14 
 
 
485 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.42 
 
 
479 aa  202  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.53 
 
 
525 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.14 
 
 
485 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.88 
 
 
533 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.23 
 
 
452 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.14 
 
 
485 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.14 
 
 
485 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.14 
 
 
473 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  41.92 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.27 
 
 
480 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2715  putative ATP-dependent RNA helicase  41.4 
 
 
434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.511993  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.57 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.68 
 
 
550 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.9 
 
 
549 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  37.43 
 
 
460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1185  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.96 
 
 
414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.64 
 
 
503 aa  200  3e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.93 
 
 
584 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  41.92 
 
 
486 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.43 
 
 
515 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.92 
 
 
486 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  42.91 
 
 
411 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.9 
 
 
578 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  42.91 
 
 
420 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.39 
 
 
418 aa  200  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.27 
 
 
525 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.1 
 
 
418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.5 
 
 
560 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.92 
 
 
486 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.41 
 
 
439 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>