More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2658 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2658  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
399 aa  806    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.919133  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.36 
 
 
439 aa  390  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.27 
 
 
437 aa  386  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.66 
 
 
418 aa  383  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 
418 aa  380  1e-104  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.72 
 
 
497 aa  376  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.51 
 
 
428 aa  375  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.73 
 
 
383 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.6 
 
 
423 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.47 
 
 
418 aa  371  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.65 
 
 
492 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.4 
 
 
418 aa  371  1e-101  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.34 
 
 
485 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.64 
 
 
514 aa  365  1e-99  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  48.26 
 
 
446 aa  365  1e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.38 
 
 
418 aa  362  6e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  45.34 
 
 
495 aa  360  2e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  44.84 
 
 
424 aa  357  2.9999999999999997e-97  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.73 
 
 
492 aa  355  6.999999999999999e-97  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.38 
 
 
418 aa  355  1e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  47.43 
 
 
481 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.45 
 
 
494 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  46.72 
 
 
445 aa  353  4e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.63 
 
 
506 aa  352  7e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.03 
 
 
452 aa  352  7e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.76 
 
 
510 aa  352  8e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.13 
 
 
415 aa  352  8e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.76 
 
 
510 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.36 
 
 
491 aa  351  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
438 aa  350  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.76 
 
 
506 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.92 
 
 
466 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.17 
 
 
513 aa  349  4e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.41 
 
 
599 aa  348  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.99 
 
 
499 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.99 
 
 
479 aa  347  2e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  44.36 
 
 
476 aa  347  3e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.34 
 
 
474 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.45 
 
 
506 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.77 
 
 
448 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.9 
 
 
426 aa  345  1e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.78 
 
 
578 aa  345  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
577 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2004  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.22 
 
 
467 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0563026  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.56 
 
 
463 aa  344  1e-93  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.58 
 
 
452 aa  344  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.66 
 
 
525 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.66 
 
 
525 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2335  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.95 
 
 
467 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0940399  normal  0.127544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1989  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.95 
 
 
467 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.66 
 
 
526 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  45.08 
 
 
429 aa  344  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  44.42 
 
 
469 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.09 
 
 
477 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.66 
 
 
515 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  47.03 
 
 
491 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.09 
 
 
511 aa  343  4e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  46.22 
 
 
482 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.86 
 
 
436 aa  343  4e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.38 
 
 
550 aa  342  5e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.5 
 
 
522 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.86 
 
 
455 aa  342  5.999999999999999e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2052  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.95 
 
 
467 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.15758  hitchhiker  0.00350399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.93 
 
 
477 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.68 
 
 
443 aa  342  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.36 
 
 
533 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.41 
 
 
535 aa  342  7e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.09 
 
 
476 aa  342  7e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  45.11 
 
 
484 aa  342  7e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.04 
 
 
479 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
581 aa  342  8e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.45 
 
 
515 aa  342  9e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.8 
 
 
598 aa  341  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.32 
 
 
456 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.04 
 
 
480 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  43.94 
 
 
557 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.99 
 
 
452 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.72 
 
 
559 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44.99 
 
 
543 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.24 
 
 
496 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.86 
 
 
485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.84 
 
 
486 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  44.86 
 
 
485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.23 
 
 
515 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.23 
 
 
515 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44.84 
 
 
486 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  44.81 
 
 
435 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.11 
 
 
549 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.84 
 
 
486 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.95 
 
 
479 aa  340  4e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.86 
 
 
485 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.86 
 
 
485 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  42.71 
 
 
477 aa  339  5e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.58 
 
 
485 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.57 
 
 
480 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.32 
 
 
454 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.96 
 
 
571 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  44.62 
 
 
579 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0838  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  47.55 
 
 
403 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794098  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.88 
 
 
480 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>