More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0858 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0858  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
590 aa  1154    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.38687  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10490  DNA/RNA helicase, superfamily II  53.1 
 
 
741 aa  412  1e-113  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4394  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55 
 
 
508 aa  393  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5980  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.6 
 
 
571 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.252652  normal  0.17606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4508  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.27 
 
 
469 aa  387  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.563647  normal  0.0276245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.26 
 
 
461 aa  384  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.26538 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.51 
 
 
491 aa  384  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1242  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.53 
 
 
530 aa  379  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000201686  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2474  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.82 
 
 
544 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1681  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.83 
 
 
854 aa  377  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0805  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.46 
 
 
392 aa  374  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22250  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.82 
 
 
573 aa  369  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.213053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3959  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.17 
 
 
468 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.39 
 
 
635 aa  372  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5853  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.06 
 
 
501 aa  367  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3844  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.2 
 
 
474 aa  367  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.423842  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4741  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.62 
 
 
491 aa  366  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10130  DNA/RNA helicase, superfamily II  52.09 
 
 
449 aa  368  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.526574 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2437  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.16 
 
 
443 aa  366  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0984806  normal  0.154982 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3499  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.61 
 
 
631 aa  362  8e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10794 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17480  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.51 
 
 
456 aa  362  1e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2152  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.67 
 
 
444 aa  361  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.972666  hitchhiker  0.00678012 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2165  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.67 
 
 
444 aa  361  2e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.5 
 
 
507 aa  362  2e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2211  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.67 
 
 
444 aa  361  2e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal  0.0408968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07770  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.75 
 
 
498 aa  358  9.999999999999999e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1264  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.27 
 
 
489 aa  356  5.999999999999999e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.64 
 
 
467 aa  356  6.999999999999999e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.598984 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4634  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.87 
 
 
453 aa  355  1e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00985731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2700  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.38 
 
 
502 aa  352  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.21 
 
 
551 aa  348  1e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.25369  decreased coverage  0.000125069 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.81 
 
 
636 aa  348  2e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.19 
 
 
503 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2799  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.26 
 
 
566 aa  341  2e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.306701  normal  0.102033 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3424  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.59 
 
 
476 aa  338  1.9999999999999998e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.78 
 
 
462 aa  335  9e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1127  DEAD/DEAH box helicase  47.09 
 
 
607 aa  334  2e-90  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.652851 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0649  superfamily II DNA and RNA helicase  44.07 
 
 
728 aa  331  2e-89  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33700  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.55 
 
 
512 aa  330  6e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12580  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.43 
 
 
507 aa  323  6e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.59 
 
 
446 aa  308  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169963  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0286  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.59 
 
 
467 aa  292  2e-77  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.57 
 
 
503 aa  287  4e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.56 
 
 
536 aa  284  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00868437  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2505  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.37 
 
 
561 aa  283  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000169181 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.98 
 
 
598 aa  283  7.000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0648201  hitchhiker  0.00334068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1791  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.9 
 
 
494 aa  281  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.274461  normal  0.240884 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11320  DNA/RNA helicase, superfamily II  40.55 
 
 
582 aa  281  3e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.381496  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.11 
 
 
593 aa  281  3e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.67 
 
 
544 aa  280  4e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4676  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.9 
 
 
505 aa  280  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278319  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  43.35 
 
 
499 aa  279  8e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.23 
 
 
559 aa  279  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2167  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.72 
 
 
586 aa  279  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230616  decreased coverage  0.0000613257 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1393  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.9 
 
 
507 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.9 
 
 
507 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1447  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 
507 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.566977  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1185  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.87 
 
 
414 aa  276  7e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.88 
 
 
565 aa  276  1.0000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13237  ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.13 
 
 
527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.462148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.8 
 
 
525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0824  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.66 
 
 
609 aa  275  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920736  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.7 
 
 
526 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  40.4 
 
 
540 aa  273  6e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.8 
 
 
550 aa  273  7e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  43.53 
 
 
697 aa  273  7e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.05 
 
 
479 aa  271  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0774  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
605 aa  272  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2906  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.86 
 
 
580 aa  271  2.9999999999999997e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.109647  normal  0.0319013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.58 
 
 
525 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.96 
 
 
466 aa  270  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.61 
 
 
515 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  43.1 
 
 
469 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2785  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.99 
 
 
585 aa  270  5.9999999999999995e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.123972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
480 aa  270  8e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  42.7 
 
 
498 aa  269  8e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.42 
 
 
452 aa  269  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06650  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.78 
 
 
559 aa  269  8.999999999999999e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.61 
 
 
497 aa  269  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.69 
 
 
618 aa  268  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.71 
 
 
448 aa  268  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.78 
 
 
611 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.214353  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.77 
 
 
496 aa  267  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.73 
 
 
540 aa  267  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  37.85 
 
 
460 aa  267  5e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.92 
 
 
448 aa  267  5e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15280  DNA/RNA helicase, superfamily II  42.33 
 
 
611 aa  266  5.999999999999999e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.170483  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3515  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.53 
 
 
543 aa  266  5.999999999999999e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.394207  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  41.3 
 
 
622 aa  266  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1915  DEAD/DEAH box helicase  43.54 
 
 
393 aa  266  7e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.53 
 
 
474 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  38.22 
 
 
491 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.61 
 
 
479 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.57 
 
 
459 aa  265  1e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
628 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  36.4 
 
 
495 aa  265  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.36 
 
 
511 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.82 
 
 
535 aa  264  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.57 
 
 
514 aa  264  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.44 
 
 
491 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>