More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06650 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_06650  DNA/RNA helicase, superfamily II  100 
 
 
559 aa  1104    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0824  DEAD/DEAH box helicase domain protein  78.76 
 
 
609 aa  684    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920736  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  71.29 
 
 
611 aa  624  1e-177  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.214353  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2167  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.34 
 
 
586 aa  598  1e-170  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230616  decreased coverage  0.0000613257 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.56 
 
 
536 aa  585  1e-166  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00868437  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3515  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.47 
 
 
543 aa  580  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.394207  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1791  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.55 
 
 
494 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.274461  normal  0.240884 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13237  ATP-dependent RNA helicase rhlE  68.9 
 
 
527 aa  570  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.462148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4676  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.8 
 
 
505 aa  567  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278319  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1447  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.82 
 
 
507 aa  567  1e-160  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.566977  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1393  DEAD/DEAH box helicase-like protein  68.5 
 
 
507 aa  567  1e-160  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.5 
 
 
507 aa  567  1e-160  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3809  DEAD/DEAH box helicase-like  66.35 
 
 
649 aa  563  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.130283  normal  0.862178 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1166  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.54 
 
 
565 aa  560  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.400384 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19230  DNA/RNA helicase, superfamily II  63.66 
 
 
499 aa  559  1e-158  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.12209  normal  0.0355772 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0916  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.87 
 
 
671 aa  555  1e-156  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0853384  normal  0.398163 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.1 
 
 
598 aa  553  1e-156  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0648201  hitchhiker  0.00334068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.12 
 
 
548 aa  551  1e-155  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000480349 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27750  DNA/RNA helicase, superfamily II  62.91 
 
 
593 aa  549  1e-155  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.417961  normal  0.390673 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.76 
 
 
544 aa  549  1e-155  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15280  DNA/RNA helicase, superfamily II  64.29 
 
 
611 aa  545  1e-154  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.170483  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0379  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.55 
 
 
621 aa  544  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8393  hypothetical protein  63.53 
 
 
697 aa  540  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.671179 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2906  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.21 
 
 
580 aa  535  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.109647  normal  0.0319013 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2505  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.38 
 
 
561 aa  537  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000169181 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11320  DNA/RNA helicase, superfamily II  62.01 
 
 
582 aa  533  1e-150  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.381496  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4603  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.06 
 
 
557 aa  530  1e-149  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.884442  normal  0.136344 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2785  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.71 
 
 
585 aa  529  1e-149  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.123972  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0514  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  63.12 
 
 
503 aa  527  1e-148  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.210059  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0774  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.03 
 
 
605 aa  522  1e-147  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.8 
 
 
618 aa  524  1e-147  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1200  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.02 
 
 
565 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0324771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7820  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.26 
 
 
795 aa  504  1e-141  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3832  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.39 
 
 
516 aa  479  1e-134  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.425556 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1469  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.71 
 
 
479 aa  477  1e-133  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.45325  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.45 
 
 
533 aa  347  3e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.62 
 
 
528 aa  340  2.9999999999999998e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  46.19 
 
 
527 aa  339  7e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.71 
 
 
467 aa  332  1e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.71 
 
 
528 aa  331  2e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.71 
 
 
528 aa  331  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  43.39 
 
 
551 aa  331  3e-89  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.9 
 
 
590 aa  329  6e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.86 
 
 
466 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.45 
 
 
532 aa  323  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  43.49 
 
 
530 aa  322  9.000000000000001e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.07 
 
 
550 aa  322  9.999999999999999e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.07 
 
 
538 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.67 
 
 
541 aa  322  1.9999999999999998e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.51 
 
 
511 aa  321  3e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.51 
 
 
528 aa  320  5e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  45.51 
 
 
528 aa  320  5e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.51 
 
 
528 aa  320  5e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  45.51 
 
 
533 aa  320  5e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  45.51 
 
 
528 aa  320  5e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.51 
 
 
525 aa  320  6e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  45.51 
 
 
528 aa  320  6e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  45.51 
 
 
525 aa  320  6e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  45.51 
 
 
529 aa  319  7.999999999999999e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.41 
 
 
584 aa  318  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.78 
 
 
530 aa  318  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.03 
 
 
643 aa  318  2e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0981  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.97 
 
 
405 aa  318  2e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00015169  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  44.79 
 
 
485 aa  317  4e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.2 
 
 
527 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  41.78 
 
 
424 aa  314  2.9999999999999996e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.35 
 
 
539 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0902  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.1 
 
 
474 aa  313  4.999999999999999e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.282889  normal  0.164162 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  46.22 
 
 
563 aa  313  6.999999999999999e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.69 
 
 
448 aa  311  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.94 
 
 
583 aa  311  2.9999999999999997e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.7 
 
 
498 aa  311  2.9999999999999997e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0681922  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
482 aa  310  5e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.65 
 
 
557 aa  310  5e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.65 
 
 
557 aa  310  5e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.65 
 
 
557 aa  310  5e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.74 
 
 
546 aa  309  8e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.69 
 
 
655 aa  308  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.24 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
629 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.72 
 
 
564 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
640 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
651 aa  307  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
640 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.29 
 
 
640 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
640 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
651 aa  307  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  44.96 
 
 
651 aa  307  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 
640 aa  307  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  44.89 
 
 
589 aa  307  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.83 
 
 
467 aa  306  4.0000000000000004e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.14 
 
 
565 aa  306  4.0000000000000004e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
546 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  44.1 
 
 
579 aa  306  6e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1440  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.77 
 
 
562 aa  306  7e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.706802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>