More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2054 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2054  histone deacetylase family protein  100 
 
 		 374 aa  746    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3274  histone deacetylase superfamily protein  70.59 
 
 		 375 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1882  histone deacetylase superfamily protein  66.38 
 
 		 390 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.70694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2390  putative acetoin utilization protein  67.42 
 
 		 369 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569115  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1054  histone deacetylase superfamily protein  67.14 
 
 		 369 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.836355  normal  0.241062 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0697  histone deacetylase superfamily protein  50.14 
 
 		 357 aa  316  4e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.22424  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0653  Histone deacetylase  44.02 
 
 		 406 aa  272  6e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.625383  normal  0.171491 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2162  histone deacetylase superfamily  42.31 
 
 		 404 aa  270  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000369065 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2534  histone deacetylase family protein  42.31 
 
 		 388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2162  histone deacetylase superfamily  43.94 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654849  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0643  histone deacetylase superfamily  34.62 
 
 		 379 aa  241  2e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000282204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1739  histone deacetylase superfamily protein  36.5 
 
 		 385 aa  182  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0517  histone deacetylase superfamily  37.22 
 
 		 383 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1222  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.84 
 
 		 385 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0627011  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  33.94 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1648  deacetylase  33.6 
 
 		 381 aa  169  9e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0180748  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  37.91 
 
 		 393 aa  166  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  30.53 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3125  histone deacetylase superfamily  35.69 
 
 		 385 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1137  Histone deacetylase  35.69 
 
 		 385 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1468  histone deacetylase superfamily  37.7 
 
 		 397 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1461  histone deacetylase superfamily protein  40.07 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.111852  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4414  acetoin utilization protein  29.56 
 
 		 388 aa  159  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4804  acetoin utilization protein AcuC  29.56 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4563  acetoin utilization protein AcuC  29.12 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4778  acetoin utilization protein AcuC  29.56 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27490  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  35.87 
 
 		 393 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4918  acetoin utilization protein AcuC  29.12 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4783  acetoin utilization protein AcuC  29.12 
 
 		 388 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0461  acetoin utilization protein AcuC  29.12 
 
 		 388 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4800  acetoin utilization protein AcuC  29.56 
 
 		 388 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3338  histone deacetylase superfamily protein  29.31 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0263491  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1422  histone deacetylase superfamily protein  41.46 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000379462 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4397  acetoin utilization protein  28.87 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4496  histone deacetylase superfamily protein  28.61 
 
 		 388 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  34.85 
 
 		 378 aa  152  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  35.65 
 
 		 403 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  35.65 
 
 		 407 aa  152  8.999999999999999e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75957  predicted protein  31.61 
 
 		 453 aa  151  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81035  histone deacetylase transcription modifier  33.13 
 
 		 500 aa  149  6e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.773072 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  35.35 
 
 		 417 aa  148  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3788  Histone deacetylase  37.27 
 
 		 393 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0376544  normal  0.295517 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24430  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  37.1 
 
 		 406 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.653116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1014  histone deacetylase superfamily protein  33.23 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102767  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  40.75 
 
 		 411 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  36.83 
 
 		 387 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2732  histone deacetylase superfamily  32.01 
 
 		 396 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  32.49 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119518  histone deacetylase, probable  30.81 
 
 		 424 aa  145  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4452  Histone deacetylase  36.64 
 
 		 412 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_51026  histone deacetylase 1 isoform  34.58 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  35.88 
 
 		 435 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  40.15 
 
 		 396 aa  143  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  34.49 
 
 		 394 aa  143  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1832  Histone deacetylase  35.69 
 
 		 410 aa  142  7e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.201599  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2224  histone deacetylase superfamily protein  35.69 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0321153  normal  0.223213 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  36.86 
 
 		 392 aa  140  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  36.24 
 
 		 426 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04493  Histone deacetylase RpdAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9P4F5]  32.77 
 
 		 687 aa  139  7.999999999999999e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0432727 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  31.3 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0750  histone deacetylase superfamily  29.07 
 
 		 374 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 		 392 aa  137  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02110  histone deacetylation-related protein, putative  33.75 
 
 		 475 aa  135  8e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.225497  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  36.69 
 
 		 394 aa  135  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2236  Histone deacetylase  33.45 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0118609  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24330  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  35.89 
 
 		 424 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0250  histone deacetylase superfamily  37.19 
 
 		 387 aa  133  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.358933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57812  predicted protein  31.75 
 
 		 488 aa  133  5e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  36.9 
 
 		 406 aa  132  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  29.19 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_49800  histone deacetylase 1 isoform  33.23 
 
 		 426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02840  conserved hypothetical protein  31.28 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03806  Histone deacetylase HosA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9P4F4]  32.31 
 
 		 482 aa  129  6e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0175107  normal  0.75025 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  29.35 
 
 		 487 aa  129  8.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  33.47 
 
 		 378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0570  histone deacetylase superfamily protein  30.82 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02060  histone deacetylase 1-1 (hd1), putative  33.33 
 
 		 659 aa  125  8.000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.300789  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  29.9 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  29.9 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0507  histone deacetylase superfamily  34.06 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0375455 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03520  histone deacetylase 1 (hd1), putative  31.9 
 
 		 621 aa  122  9e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53146  predicted protein  31.23 
 
 		 398 aa  122  9.999999999999999e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  35.91 
 
 		 298 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0430  histone deacetylase superfamily  36 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188853  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0962  histone deacetylase superfamily protein  30.34 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.109144  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  32.59 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  30.75 
 
 		 348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07000  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  35.64 
 
 		 398 aa  114  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  28.86 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1785  histone deacetylase superfamily protein  31.34 
 
 		 379 aa  110  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374535  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0555  histone deacetylase superfamily protein  32.3 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1974  histone deacetylase superfamily protein  31.2 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  31.75 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2486  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.59 
 
 		 310 aa  107  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  34.46 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  31.28 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  35.39 
 
 		 298 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  30.92 
 
 		 311 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  30.81 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  29.48 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>