More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3503 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
426 aa  841    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  73.3 
 
 
435 aa  601  1e-170  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4452  Histone deacetylase  59.9 
 
 
412 aa  436  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  59 
 
 
394 aa  433  1e-120  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  58.54 
 
 
387 aa  430  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1461  histone deacetylase superfamily protein  57.39 
 
 
393 aa  424  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.111852  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  57.89 
 
 
396 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  53.25 
 
 
406 aa  414  1e-114  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2707  putative acetoin utilization protein  55.14 
 
 
392 aa  411  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1422  histone deacetylase superfamily protein  57.14 
 
 
393 aa  408  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000379462 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  56.03 
 
 
392 aa  409  1e-113  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1468  histone deacetylase superfamily  56.11 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  54.21 
 
 
393 aa  402  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0250  histone deacetylase superfamily  56.17 
 
 
387 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.358933  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  53.06 
 
 
417 aa  397  1e-109  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 
407 aa  396  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  52.37 
 
 
394 aa  387  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0507  histone deacetylase superfamily  51.12 
 
 
395 aa  385  1e-106  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0375455 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  50.12 
 
 
403 aa  385  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3788  Histone deacetylase  55.5 
 
 
393 aa  384  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0376544  normal  0.295517 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  50.59 
 
 
411 aa  382  1e-105  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24430  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  50.37 
 
 
406 aa  372  1e-102  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.653116  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07000  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  51.98 
 
 
398 aa  366  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0430  histone deacetylase superfamily  52 
 
 
390 aa  362  1e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188853  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1832  Histone deacetylase  49.5 
 
 
410 aa  362  1e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.201599  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27490  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  50.63 
 
 
393 aa  354  1e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24330  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  50 
 
 
424 aa  348  8e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2236  Histone deacetylase  48.67 
 
 
414 aa  345  7e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0118609  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  46.77 
 
 
389 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2732  histone deacetylase superfamily  44.44 
 
 
396 aa  286  4e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1014  histone deacetylase superfamily protein  47.46 
 
 
387 aa  286  5.999999999999999e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102767  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3338  histone deacetylase superfamily protein  43.53 
 
 
388 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0263491  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0461  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  278  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000567246 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4778  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4414  acetoin utilization protein  43.94 
 
 
388 aa  276  6e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4804  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  276  7e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4563  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  275  8e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4918  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  275  8e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4783  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  275  8e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4800  acetoin utilization protein AcuC  43.94 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4496  histone deacetylase superfamily protein  42.73 
 
 
388 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4397  acetoin utilization protein  43.94 
 
 
388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  37.97 
 
 
370 aa  249  5e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  44.08 
 
 
378 aa  238  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  40.99 
 
 
378 aa  229  7e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  36.18 
 
 
389 aa  222  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  36.18 
 
 
389 aa  222  9e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  42.12 
 
 
378 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  39.75 
 
 
385 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1648  deacetylase  38.96 
 
 
381 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0180748  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0517  histone deacetylase superfamily  36.36 
 
 
383 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1222  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.44 
 
 
385 aa  206  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0627011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1739  histone deacetylase superfamily protein  39.63 
 
 
385 aa  206  8e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3125  histone deacetylase superfamily  41.58 
 
 
385 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1137  Histone deacetylase  41.58 
 
 
385 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  34.56 
 
 
351 aa  200  5e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119518  histone deacetylase, probable  32.83 
 
 
424 aa  176  7e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  37.89 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75957  predicted protein  31.27 
 
 
453 aa  174  3.9999999999999995e-42  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02060  histone deacetylase 1-1 (hd1), putative  32.8 
 
 
659 aa  169  1e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.300789  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0750  histone deacetylase superfamily  34.33 
 
 
374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_51026  histone deacetylase 1 isoform  34.19 
 
 
426 aa  167  5e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02110  histone deacetylation-related protein, putative  35.46 
 
 
475 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.225497  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_49800  histone deacetylase 1 isoform  33.75 
 
 
426 aa  164  4.0000000000000004e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57812  predicted protein  32.62 
 
 
488 aa  162  8.000000000000001e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0653  Histone deacetylase  34.81 
 
 
406 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.625383  normal  0.171491 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2162  histone deacetylase superfamily  36.34 
 
 
404 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000369065 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02840  conserved hypothetical protein  34.63 
 
 
466 aa  158  2e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2534  histone deacetylase family protein  36.39 
 
 
388 aa  158  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  31.17 
 
 
487 aa  158  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0962  histone deacetylase superfamily protein  33.75 
 
 
321 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.109144  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81035  histone deacetylase transcription modifier  30.79 
 
 
500 aa  157  3e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.773072 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2932  histone deacetylase  35.62 
 
 
528 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00716511 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2162  histone deacetylase superfamily  34.98 
 
 
404 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654849  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2224  histone deacetylase superfamily protein  32.25 
 
 
327 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0321153  normal  0.223213 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04493  Histone deacetylase RpdAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9P4F5]  33.01 
 
 
687 aa  153  7e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0432727 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0976  hypothetical protein  34.37 
 
 
448 aa  152  8.999999999999999e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03520  histone deacetylase 1 (hd1), putative  30.11 
 
 
621 aa  152  1e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0223  Histone deacetylase  36.25 
 
 
446 aa  152  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.195671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1882  histone deacetylase superfamily protein  34.63 
 
 
390 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.70694  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22480  histone deacetylase superfamily  32.92 
 
 
480 aa  150  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00877873  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1405  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 
478 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.859929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0778  histone deacetylase superfamily  32.9 
 
 
435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1009  Histone deacetylase  36 
 
 
450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03806  Histone deacetylase HosA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9P4F4]  34.53 
 
 
482 aa  147  3e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0175107  normal  0.75025 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0141  histone deacetylase superfamily  31.36 
 
 
315 aa  146  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.100578  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2337  histone deacetylase family protein  33.65 
 
 
439 aa  146  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.724338  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  35.62 
 
 
343 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4058  histone deacetylase superfamily protein  32.93 
 
 
438 aa  146  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0555  histone deacetylase superfamily protein  41.44 
 
 
379 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0989  histone deacetylase superfamily protein  33.64 
 
 
437 aa  145  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.595114 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1031  histone deacetylase superfamily  30.98 
 
 
438 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1885  histone deacetylase superfamily protein  32.8 
 
 
451 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0643  histone deacetylase superfamily  30.36 
 
 
379 aa  143  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000282204  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  32.72 
 
 
344 aa  143  8e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2127  Histone deacetylase  33.12 
 
 
447 aa  143  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.003009  normal  0.054608 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0126  histone deacetylase superfamily  34.05 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2054  histone deacetylase family protein  36.24 
 
 
374 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3163  histone deacetylase superfamily protein  32.03 
 
 
438 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.114353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  39.91 
 
 
344 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>