More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1994 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1994  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 499 aa  1021    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1027  type II and III secretion system protein  37.4 
 
 		 552 aa  325  1e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.40658 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1791  type II and III secretion system protein  35.24 
 
 		 524 aa  322  8e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.561359 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 538 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  29.7 
 
 		 944 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  30.36 
 
 		 718 aa  195  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  30.6 
 
 		 729 aa  193  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  30 
 
 		 718 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 		 692 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  27.87 
 
 		 784 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  27.87 
 
 		 784 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  28.97 
 
 		 706 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  29.28 
 
 		 706 aa  183  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  30.28 
 
 		 870 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  28.92 
 
 		 704 aa  179  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.1 
 
 		 894 aa  178  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  28.29 
 
 		 710 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  30.48 
 
 		 864 aa  178  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  28.16 
 
 		 698 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  28.16 
 
 		 698 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  27.82 
 
 		 693 aa  176  6e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  28.17 
 
 		 711 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  26.95 
 
 		 717 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  29.19 
 
 		 926 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  28.7 
 
 		 946 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  29.6 
 
 		 714 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2199  type IV pilus secretin PilQ  28.8 
 
 		 719 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  27.71 
 
 		 668 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  27.19 
 
 		 694 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  27.55 
 
 		 420 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  26.35 
 
 		 714 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  28.39 
 
 		 723 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  27.75 
 
 		 727 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  27.65 
 
 		 891 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  30.08 
 
 		 745 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  28.76 
 
 		 706 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.96 
 
 		 684 aa  161  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  26.28 
 
 		 684 aa  161  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  26.71 
 
 		 683 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  26.71 
 
 		 683 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  27.94 
 
 		 682 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  26.71 
 
 		 683 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  27.31 
 
 		 580 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  26.28 
 
 		 684 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  28.37 
 
 		 721 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  27.36 
 
 		 433 aa  160  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  28.37 
 
 		 721 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  26.8 
 
 		 683 aa  160  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.63 
 
 		 874 aa  160  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.28 
 
 		 684 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  27.56 
 
 		 683 aa  160  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  27.74 
 
 		 420 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  26.49 
 
 		 683 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  28.38 
 
 		 710 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  27.55 
 
 		 422 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  26.99 
 
 		 547 aa  158  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  26.74 
 
 		 426 aa  158  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  28.33 
 
 		 389 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.09 
 
 		 685 aa  157  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  26.89 
 
 		 688 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  27.38 
 
 		 710 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.92 
 
 		 413 aa  156  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  27.99 
 
 		 426 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  29.33 
 
 		 696 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  27.92 
 
 		 426 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 		 420 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  27.21 
 
 		 893 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  27.15 
 
 		 887 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  27.15 
 
 		 887 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  29.1 
 
 		 696 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  26.51 
 
 		 683 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  27.87 
 
 		 721 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  27.38 
 
 		 882 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  27.52 
 
 		 682 aa  153  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.85 
 
 		 689 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  26.46 
 
 		 578 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  27.49 
 
 		 712 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  27.42 
 
 		 412 aa  151  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  27.02 
 
 		 682 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  27.42 
 
 		 412 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0252  type IV pilus secretin PilQ  27.46 
 
 		 1269 aa  150  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.760209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  27.35 
 
 		 715 aa  150  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  27.19 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  27.39 
 
 		 716 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  27.19 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  27.19 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  27.19 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  26.14 
 
 		 553 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  27.97 
 
 		 729 aa  147  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  25.92 
 
 		 543 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  27.13 
 
 		 710 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  26.96 
 
 		 412 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  26.96 
 
 		 412 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  26.64 
 
 		 543 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  26.08 
 
 		 553 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  27 
 
 		 386 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  27.35 
 
 		 726 aa  145  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  27.46 
 
 		 573 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2255  type II and III secretion system protein  32.05 
 
 		 372 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.936423  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  26.86 
 
 		 714 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>