More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5054 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  44.69 
 
 		 1505 aa  697    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  49.65 
 
 		 1151 aa  1093    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  100 
 
 		 1135 aa  2351    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  60.77 
 
 		 1143 aa  1401    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  43.15 
 
 		 1444 aa  638    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  44.22 
 
 		 1182 aa  927    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  45.65 
 
 		 1138 aa  972    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  40.47 
 
 		 984 aa  674    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  43.03 
 
 		 918 aa  674    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  41.2 
 
 		 918 aa  669    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  46.5 
 
 		 1142 aa  994    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  42.61 
 
 		 1200 aa  661    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  45.54 
 
 		 941 aa  777    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2208  PKD domain containing protein  41.12 
 
 		 908 aa  632  1e-180  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0778173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  39.46 
 
 		 909 aa  624  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 800 aa  573  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.51 
 
 		 945 aa  420  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.54 
 
 		 953 aa  390  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  32.05 
 
 		 1194 aa  386  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.02 
 
 		 272 aa  284  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 245 aa  267  7e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 232 aa  235  3e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  49.34 
 
 		 392 aa  227  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  42.97 
 
 		 260 aa  216  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  45.68 
 
 		 247 aa  213  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  48.88 
 
 		 255 aa  201  5e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  44.75 
 
 		 276 aa  194  9e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  40.55 
 
 		 275 aa  191  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  43.95 
 
 		 279 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  42.39 
 
 		 895 aa  188  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  39.5 
 
 		 285 aa  165  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 277 aa  161  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2965  PKD domain-containing protein  27.35 
 
 		 1029 aa  156  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.651624  normal  0.0385802 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  36.16 
 
 		 375 aa  154  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36860  glucose/sorbosone dehydrogenase  26.95 
 
 		 892 aa  144  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095894  normal  0.0512972 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4878  PKD domain containing protein  26.67 
 
 		 1081 aa  135  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  30.16 
 
 		 292 aa  119  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  32.94 
 
 		 346 aa  119  3.9999999999999997e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  32.25 
 
 		 296 aa  115  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1249  PKD domain-containing protein  25.59 
 
 		 712 aa  108  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.8229  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0775  PKD domain-containing protein  25.94 
 
 		 999 aa  107  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482876  normal  0.807579 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0779  PKD domain-containing protein  26.12 
 
 		 999 aa  107  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0794  PKD domain-containing protein  26.12 
 
 		 999 aa  107  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135837  normal  0.0870072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  24.09 
 
 		 1132 aa  107  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0521  PA14 domain protein  24.66 
 
 		 841 aa  99  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.387199  hitchhiker  0.000185661 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  23.16 
 
 		 1657 aa  99.4  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  28.57 
 
 		 266 aa  97.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1830  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.69 
 
 		 442 aa  94  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.747295 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2489  hypothetical protein  29.96 
 
 		 371 aa  93.6  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.234547 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  26.79 
 
 		 412 aa  92.8  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2887  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.89 
 
 		 396 aa  90.5  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0670261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  27.61 
 
 		 413 aa  89  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  28.75 
 
 		 258 aa  89  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  22.22 
 
 		 411 aa  88.2  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  25.36 
 
 		 388 aa  87.8  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  22.33 
 
 		 388 aa  87.8  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2401  glucose sorbosone dehydrogenase  26.26 
 
 		 374 aa  87  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7278  cytochrome c class I  49.35 
 
 		 138 aa  86.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  51.43 
 
 		 106 aa  85.9  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  24 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  28.14 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  28.14 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1328  glucose sorbosone dehydrogenase  23.46 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4181  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  25 
 
 		 570 aa  84.7  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.100139  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0363  glucose sorbosone dehydrogenase  26.86 
 
 		 422 aa  84.3  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.510495  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  42.68 
 
 		 105 aa  84.3  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  26.19 
 
 		 387 aa  84.3  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0552  glucose sorbosone dehydrogenase  27.42 
 
 		 360 aa  84.3  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000617979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  27.65 
 
 		 387 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5245  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  26.58 
 
 		 585 aa  83.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  48.61 
 
 		 115 aa  82.4  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  47.14 
 
 		 105 aa  82.4  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2615  hypothetical protein  26.39 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  26.6 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  26.55 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  26.2 
 
 		 366 aa  81.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  28.1 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0559  cytochrome c551/c552  40.96 
 
 		 121 aa  81.6  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.536891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  45.83 
 
 		 102 aa  81.3  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  26.95 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0959  hypothetical protein  30.62 
 
 		 419 aa  81.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  44.05 
 
 		 118 aa  80.9  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  26.52 
 
 		 382 aa  81.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2375  glucose/sorbosone dehydrogenases-like  28.51 
 
 		 2172 aa  80.1  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.842796  normal  0.181989 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0158  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.08 
 
 		 450 aa  80.5  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0897  soluble aldose sugar dehydrogenase yliI  23.88 
 
 		 373 aa  80.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  27.64 
 
 		 255 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2694  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.12 
 
 		 520 aa  80.5  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.439378  normal  0.199707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  25.82 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  26.71 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  25.1 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2919  Quinoprotein glucose dehydrogenase  29.56 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000852444 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  25.36 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  26.3 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 101 aa  78.2  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  22.52 
 
 		 530 aa  78.2  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00804  predicted dehydrogenase  23.17 
 
 		 371 aa  77.4  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  47.89 
 
 		 106 aa  77.4  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0485  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.26 
 
 		 387 aa  77.4  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.335617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  24.67 
 
 		 391 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>