61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1220 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  100 
 
 		 260 aa  541  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  64.34 
 
 		 275 aa  340  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  61.57 
 
 		 255 aa  308  4e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  55.56 
 
 		 247 aa  293  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  46.19 
 
 		 1505 aa  210  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  44.26 
 
 		 1182 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  45.61 
 
 		 1135 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  41.6 
 
 		 1151 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  42.91 
 
 		 1138 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  44.5 
 
 		 1143 aa  206  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  40.41 
 
 		 1142 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 800 aa  199  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  42.17 
 
 		 1444 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  42.24 
 
 		 392 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  40.71 
 
 		 276 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  38.05 
 
 		 279 aa  161  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  34.39 
 
 		 1200 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  34.62 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  33.47 
 
 		 895 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  30 
 
 		 346 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  31.62 
 
 		 1194 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  31.65 
 
 		 375 aa  126  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  28.92 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  28.06 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  26.34 
 
 		 258 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  25.48 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  27.03 
 
 		 306 aa  89  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  26.69 
 
 		 351 aa  82.4  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.43 
 
 		 1265 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  22.69 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  29.03 
 
 		 1180 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.51 
 
 		 1171 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  28.12 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.27 
 
 		 1503 aa  65.1  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2624  hypothetical protein  22.08 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.440357  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1600  hypothetical protein  29.51 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988724  normal  0.695323 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  25.54 
 
 		 219 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6776  40-residue YVTN beta-propeller repeat protein  29.6 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3453  hypothetical protein  26.06 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4406  hypothetical protein  25.68 
 
 		 217 aa  52.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.192664  normal  0.135313 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  23.81 
 
 		 1274 aa  52  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  21.43 
 
 		 601 aa  50.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  25 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  24.44 
 
 		 233 aa  49.3  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0825  coagulation factor 5/8 type domain protein  23.27 
 
 		 478 aa  48.5  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.752393  normal  0.358271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0591  hypothetical protein  25.26 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1863  hypothetical protein  23.83 
 
 		 213 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285265  normal  0.687336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1682  hypothetical protein  23.83 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3860  hypothetical protein  25.93 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0231605  normal  0.114316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5101  hypothetical protein  26.54 
 
 		 228 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.204756  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4188  hypothetical protein  23.26 
 
 		 214 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  23.58 
 
 		 639 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1544  hypothetical protein  24.06 
 
 		 326 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6969  hypothetical protein  27.27 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6311  hypothetical protein  27.27 
 
 		 220 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.566642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1518  hypothetical protein  27.27 
 
 		 220 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2953  hypothetical protein  24.02 
 
 		 213 aa  42  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>