64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4304 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  100 
 
 
285 aa  594  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
277 aa  260  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  45.41 
 
 
1143 aa  180  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  37.5 
 
 
1138 aa  169  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  39.08 
 
 
1182 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  40.17 
 
 
1135 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
232 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
245 aa  162  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
800 aa  154  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  40.09 
 
 
1505 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  37.92 
 
 
1444 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  36.78 
 
 
392 aa  149  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  34.62 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  34.73 
 
 
275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  34.6 
 
 
1142 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  33.09 
 
 
1151 aa  136  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  38.39 
 
 
895 aa  133  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  38.05 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  35.43 
 
 
255 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  31.76 
 
 
247 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  31.69 
 
 
1194 aa  112  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  30.13 
 
 
1200 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  32.3 
 
 
279 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  28.46 
 
 
292 aa  102  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  28.1 
 
 
346 aa  97.8  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  27.78 
 
 
306 aa  92.8  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  28.16 
 
 
296 aa  92.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  28.51 
 
 
375 aa  84.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  27.5 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  30.15 
 
 
219 aa  77  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.15 
 
 
1265 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  26.52 
 
 
223 aa  75.1  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.76 
 
 
1171 aa  73.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.69 
 
 
1180 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  27.54 
 
 
266 aa  68.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  25.49 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1086  hypothetical protein  24.19 
 
 
283 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.913573  normal  0.978408 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3566  hypothetical protein  24.71 
 
 
314 aa  58.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.35008  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6776  40-residue YVTN beta-propeller repeat protein  23.83 
 
 
273 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.54 
 
 
601 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4699  hypothetical protein  28.32 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.474373  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  25.91 
 
 
233 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  28.48 
 
 
216 aa  53.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0825  coagulation factor 5/8 type domain protein  23.04 
 
 
478 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.752393  normal  0.358271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1600  hypothetical protein  24.89 
 
 
227 aa  52.4  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988724  normal  0.695323 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  24.15 
 
 
255 aa  51.6  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2624  hypothetical protein  23.05 
 
 
268 aa  52.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.440357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2953  hypothetical protein  23.08 
 
 
213 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1682  hypothetical protein  23.5 
 
 
213 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3989  hypothetical protein  24.1 
 
 
214 aa  50.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1863  hypothetical protein  23.38 
 
 
213 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285265  normal  0.687336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  25.53 
 
 
1274 aa  48.9  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1628  hypothetical protein  24.47 
 
 
308 aa  48.5  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107421  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4406  hypothetical protein  26.77 
 
 
217 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.192664  normal  0.135313 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3547  hypothetical protein  26.4 
 
 
262 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.64 
 
 
1503 aa  47.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1906  hypothetical protein  22.09 
 
 
233 aa  46.6  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3349  protein of unknown function DUF1037  26.7 
 
 
236 aa  44.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0165684  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2986  hypothetical protein  23.55 
 
 
247 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.102363  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3453  hypothetical protein  25.76 
 
 
217 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0143  hypothetical protein  23.94 
 
 
261 aa  43.5  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0059  hypothetical protein  27.23 
 
 
222 aa  43.1  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.132757  decreased coverage  0.00597084 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0308  hypothetical protein  25.1 
 
 
269 aa  42.4  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>