58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1372 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  100 
 
 
247 aa  508  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  55.56 
 
 
260 aa  293  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  52.42 
 
 
275 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  58.95 
 
 
255 aa  281  9e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
245 aa  231  9e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  51.15 
 
 
1505 aa  229  4e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  48.55 
 
 
1138 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.27 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  46.22 
 
 
1182 aa  212  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  47.66 
 
 
1143 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  46.67 
 
 
1135 aa  208  8e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  48.86 
 
 
392 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  44.54 
 
 
1444 aa  202  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  42.86 
 
 
1142 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  39.68 
 
 
1151 aa  191  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.02 
 
 
800 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  40.72 
 
 
276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  38.22 
 
 
279 aa  174  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  39.09 
 
 
1200 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  38.53 
 
 
895 aa  156  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  33.62 
 
 
375 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  34.96 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
277 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  29 
 
 
346 aa  125  5e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  31.76 
 
 
285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  31.3 
 
 
1194 aa  118  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  30.24 
 
 
266 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  27.86 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  29.67 
 
 
296 aa  96.3  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  26.95 
 
 
255 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  27.76 
 
 
306 aa  88.6  9e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6776  40-residue YVTN beta-propeller repeat protein  26.42 
 
 
273 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1086  hypothetical protein  27.98 
 
 
283 aa  75.5  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.913573  normal  0.978408 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  30.26 
 
 
1503 aa  74.3  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2624  hypothetical protein  26.97 
 
 
268 aa  72.4  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.440357  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  27.2 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.57 
 
 
1180 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  29.76 
 
 
219 aa  67  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.1 
 
 
601 aa  67  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  28.44 
 
 
639 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0591  hypothetical protein  29.79 
 
 
327 aa  63.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0825  coagulation factor 5/8 type domain protein  27.55 
 
 
478 aa  62  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.752393  normal  0.358271 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  24.74 
 
 
351 aa  62  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.27 
 
 
1171 aa  62  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1544  hypothetical protein  28.16 
 
 
326 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377212  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  25.41 
 
 
1274 aa  54.7  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.97 
 
 
1265 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  27.07 
 
 
233 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2953  hypothetical protein  24.38 
 
 
213 aa  49.7  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3989  hypothetical protein  24.88 
 
 
214 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4699  hypothetical protein  25.15 
 
 
243 aa  45.8  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.474373  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1628  hypothetical protein  21.6 
 
 
308 aa  44.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107421  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0136  hypothetical protein  25.29 
 
 
225 aa  44.3  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  23.98 
 
 
216 aa  44.3  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3566  hypothetical protein  22.59 
 
 
314 aa  43.5  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.35008  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5101  hypothetical protein  25.57 
 
 
228 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.204756  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3453  hypothetical protein  22.16 
 
 
217 aa  42.7  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0318232 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>