59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2016 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  100 
 
 		 275 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  64.34 
 
 		 260 aa  340  2e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  59.03 
 
 		 255 aa  291  1e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  52.42 
 
 		 247 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  44.49 
 
 		 1505 aa  217  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  46.85 
 
 		 1138 aa  195  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  40.23 
 
 		 1444 aa  192  6e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  42.98 
 
 		 1135 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 800 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  44 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 272 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  43.78 
 
 		 1143 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  40.99 
 
 		 1182 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  41.74 
 
 		 392 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  37.75 
 
 		 1142 aa  178  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  35.6 
 
 		 1151 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  42.11 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  38.06 
 
 		 895 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  35.65 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  33.76 
 
 		 1200 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  34.73 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  30.48 
 
 		 1194 aa  133  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  31.28 
 
 		 375 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  31.6 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  28.95 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  27.53 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  27.92 
 
 		 266 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  25.67 
 
 		 258 aa  89.4  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  29.5 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  25.75 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  30.16 
 
 		 1180 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.02 
 
 		 1265 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  29.29 
 
 		 1503 aa  67  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  28.26 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  23.63 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0825  coagulation factor 5/8 type domain protein  24.34 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.752393  normal  0.358271 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.12 
 
 		 1274 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.25 
 
 		 601 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.6 
 
 		 1171 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  25.79 
 
 		 216 aa  54.7  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  27.62 
 
 		 223 aa  52.8  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6776  40-residue YVTN beta-propeller repeat protein  23.26 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5101  hypothetical protein  26.51 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.204756  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2624  hypothetical protein  23.58 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.440357  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1682  hypothetical protein  23.15 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0120  hypothetical protein  25.71 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1086  hypothetical protein  24.15 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.913573  normal  0.978408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1863  hypothetical protein  23.15 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285265  normal  0.687336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1544  hypothetical protein  26.09 
 
 		 326 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3566  hypothetical protein  22.31 
 
 		 314 aa  45.8  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.35008  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1600  hypothetical protein  24.73 
 
 		 227 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988724  normal  0.695323 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0136  hypothetical protein  24.24 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0591  hypothetical protein  22.86 
 
 		 327 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  24.29 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3453  hypothetical protein  24.87 
 
 		 217 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4406  hypothetical protein  25 
 
 		 217 aa  42.7  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.192664  normal  0.135313 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4699  hypothetical protein  25 
 
 		 243 aa  42.4  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.474373  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>