58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7276 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 245 aa  323  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  60.35 
 
 		 1143 aa  308  8e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  54.73 
 
 		 1138 aa  281  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  57.83 
 
 		 1135 aa  280  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  55.7 
 
 		 1142 aa  278  9e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  52.1 
 
 		 1151 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  52.21 
 
 		 1182 aa  261  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  55.76 
 
 		 1505 aa  255  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 232 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  53.04 
 
 		 392 aa  246  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  52.53 
 
 		 1444 aa  235  6e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 800 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  44.76 
 
 		 247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  41.02 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  45.91 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  46.08 
 
 		 276 aa  190  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  42.13 
 
 		 279 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  45.83 
 
 		 895 aa  189  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  39.77 
 
 		 275 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  40.95 
 
 		 1200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  39.82 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  34.13 
 
 		 1194 aa  158  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  34.91 
 
 		 375 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  35.29 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  31.39 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  28.95 
 
 		 296 aa  95.5  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  25.98 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2624  hypothetical protein  27.54 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.440357  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  26.81 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.36 
 
 		 1180 aa  79  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1086  hypothetical protein  27.82 
 
 		 283 aa  78.6  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.913573  normal  0.978408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  26.07 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4608  hypothetical protein  26.34 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000159544  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  28.8 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.87 
 
 		 1171 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.07 
 
 		 601 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  29.17 
 
 		 1503 aa  72.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4740  putative secreted glycosyl hydrolase  25.94 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195293  hitchhiker  0.002769 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  27.4 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6776  40-residue YVTN beta-propeller repeat protein  25.91 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.44 
 
 		 1265 aa  63.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0825  coagulation factor 5/8 type domain protein  23.98 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.752393  normal  0.358271 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3753  Carbohydrate binding family 6  26.2 
 
 		 639 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000661715 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3566  hypothetical protein  24.22 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.35008  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  25.56 
 
 		 1274 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0136  hypothetical protein  22.75 
 
 		 225 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2270  hypothetical protein  25.89 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0591  hypothetical protein  24.73 
 
 		 327 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0213  hypothetical protein  24.07 
 
 		 223 aa  47.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3305  hypothetical protein  28.15 
 
 		 218 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0127879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  22.87 
 
 		 233 aa  46.6  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  21.93 
 
 		 216 aa  46.2  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6969  hypothetical protein  23.35 
 
 		 220 aa  42.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1518  hypothetical protein  23.35 
 
 		 220 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06130  hypothetical protein  25.76 
 
 		 246 aa  42.4  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6311  hypothetical protein  23.35 
 
 		 220 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.566642 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>