183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1235 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
378 aa  781    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  32.58 
 
 
344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  30.96 
 
 
346 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 
348 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  25.08 
 
 
348 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
347 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  26.44 
 
 
345 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.24 
 
 
383 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
355 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
345 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
343 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
354 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  83.2  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
365 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.5 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.29 
 
 
365 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 
340 aa  79.7  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
407 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.19 
 
 
353 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.96 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  24.7 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 
362 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
343 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  23.19 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.76 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  24.48 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 
353 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.09 
 
 
377 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 
347 aa  66.2  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
374 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.81 
 
 
348 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 
348 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  21.51 
 
 
348 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 
350 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.46 
 
 
323 aa  63.9  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0319  extracellular solute-binding protein family 1  21.68 
 
 
380 aa  63.9  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.245975  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
370 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 
374 aa  63.2  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
374 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  21.52 
 
 
349 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 
359 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  22.46 
 
 
350 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.56 
 
 
342 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.4 
 
 
344 aa  60.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.02 
 
 
347 aa  60.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
355 aa  59.7  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
350 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 
347 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
348 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
348 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  22.19 
 
 
346 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
348 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  21.85 
 
 
363 aa  57  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 
382 aa  57  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 
320 aa  56.6  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  21.64 
 
 
355 aa  57  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
355 aa  56.2  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
348 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
358 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 
343 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 
352 aa  55.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.71 
 
 
359 aa  55.1  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 
341 aa  54.3  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 
340 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  21.99 
 
 
358 aa  53.9  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  22.09 
 
 
346 aa  53.5  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
348 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.42 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
355 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.42 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.42 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.42 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.42 
 
 
348 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  21.47 
 
 
347 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.55 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 
344 aa  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.77 
 
 
345 aa  51.2  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>