More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2702 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  92.39 
 
 
355 aa  659    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
383 aa  786    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  85.63 
 
 
354 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  84.66 
 
 
362 aa  587  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  70.66 
 
 
407 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  56.18 
 
 
347 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  51.78 
 
 
342 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  51.79 
 
 
347 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  48.37 
 
 
335 aa  335  9e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  45.59 
 
 
342 aa  332  6e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  48.09 
 
 
345 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  45.09 
 
 
344 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  38 
 
 
350 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  38.44 
 
 
350 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 
355 aa  245  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 
348 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 
348 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  41.12 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 
347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.5 
 
 
348 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  37.07 
 
 
358 aa  236  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 
374 aa  235  8e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 
350 aa  235  8e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 
355 aa  235  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  40.81 
 
 
348 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 
348 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 
355 aa  229  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  37.27 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  31.79 
 
 
348 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
345 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
347 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  32.21 
 
 
345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
348 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.05 
 
 
349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  28.32 
 
 
347 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 
346 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  31.04 
 
 
347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  31.04 
 
 
347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 
345 aa  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
340 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.09 
 
 
354 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 
323 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
355 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  27.44 
 
 
348 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.43 
 
 
344 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.36 
 
 
344 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.4 
 
 
354 aa  100  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
340 aa  96.7  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 
346 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  26.54 
 
 
345 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.24 
 
 
378 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 
340 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 
353 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  26.74 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.92 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
359 aa  79.7  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 
343 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
363 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.29 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 
350 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 
346 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.57 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  24.13 
 
 
346 aa  73.2  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
364 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.43 
 
 
341 aa  72.4  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.31 
 
 
364 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
343 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
353 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.79 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  70.1  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.8 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
348 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.93 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.93 
 
 
374 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.07 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.93 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.93 
 
 
374 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.93 
 
 
374 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  25.85 
 
 
362 aa  67  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
348 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.46 
 
 
367 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  21.94 
 
 
363 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
348 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>