More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3187 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 349 aa  706    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 		 347 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 348 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  43.75 
 
 		 348 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  32.47 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  31.96 
 
 		 346 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  30.16 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  30.32 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  31.72 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.25 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 347 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.91 
 
 		 348 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 348 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  30.91 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 374 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  26.69 
 
 		 350 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.23 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 407 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  27.22 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  26.8 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 355 aa  106  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 		 350 aa  95.9  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.21 
 
 		 344 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.11 
 
 		 348 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.93 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 345 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.93 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  26.64 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.25 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  26.72 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 344 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 340 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  25.84 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  23.08 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  24.41 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  30.08 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 		 364 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  29.51 
 
 		 370 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.67 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.64 
 
 		 364 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.08 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.6 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 343 aa  67  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  27.88 
 
 		 343 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.64 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 		 344 aa  67  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 361 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.79 
 
 		 365 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.43 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.43 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 342 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  27.23 
 
 		 266 aa  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  29.17 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.16 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.909966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  29.28 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>