More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2419 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  100 
 
 
354 aa  728    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
343 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  28.9 
 
 
348 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
345 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
354 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.1 
 
 
345 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 
362 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.59 
 
 
383 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 
355 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
345 aa  97.1  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 
407 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.07 
 
 
342 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  29.18 
 
 
353 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  26.04 
 
 
335 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
347 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
343 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
355 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
346 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.43 
 
 
349 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  25.46 
 
 
344 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.52 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  29.18 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  23 
 
 
347 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
363 aa  78.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
340 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.67 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
348 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
350 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  24.72 
 
 
347 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.25 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
374 aa  73.9  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
355 aa  73.6  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
352 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  22.61 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 
374 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.06 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.73 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
350 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.06 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.06 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
344 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.06 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.73 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  21.41 
 
 
350 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  23.69 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  30.72 
 
 
358 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  21.66 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.73 
 
 
349 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
348 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.21 
 
 
375 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 
368 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 
358 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  27.73 
 
 
348 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  22.01 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.12 
 
 
344 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.18 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.18 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  27.24 
 
 
346 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
348 aa  67  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.71 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  21.57 
 
 
350 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
344 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  28.06 
 
 
362 aa  67  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.54 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.68 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.41 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
348 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>