More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4002 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
343 aa  697    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  81.34 
 
 
344 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  81.92 
 
 
344 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  81.05 
 
 
344 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  81.05 
 
 
344 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  80.17 
 
 
348 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  80.17 
 
 
348 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  78.96 
 
 
347 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  75.58 
 
 
344 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  75.58 
 
 
344 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  65.94 
 
 
349 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  66.67 
 
 
367 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.25 
 
 
349 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  61.65 
 
 
343 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  64.29 
 
 
348 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  62.17 
 
 
346 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  63.64 
 
 
348 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  63.64 
 
 
348 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  63.99 
 
 
348 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  63.64 
 
 
348 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  61.06 
 
 
352 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.11 
 
 
408 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  65.11 
 
 
348 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  65.11 
 
 
374 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  64.8 
 
 
374 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  64.8 
 
 
374 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  61 
 
 
350 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  65.11 
 
 
348 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  61.65 
 
 
346 aa  428  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  64.8 
 
 
348 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  61.34 
 
 
346 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  61.63 
 
 
346 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  60.35 
 
 
344 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  65.11 
 
 
348 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  63.55 
 
 
348 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 
343 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  59.24 
 
 
343 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  59.77 
 
 
344 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  63.12 
 
 
352 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  59 
 
 
359 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  59 
 
 
343 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  59 
 
 
362 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  59.42 
 
 
342 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  58.26 
 
 
342 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  57.56 
 
 
342 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  54.07 
 
 
342 aa  381  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  54.07 
 
 
342 aa  381  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  53.78 
 
 
342 aa  378  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  55.62 
 
 
345 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  53.04 
 
 
345 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  53.39 
 
 
363 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  52.94 
 
 
366 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  52.63 
 
 
347 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  52.17 
 
 
345 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  52.8 
 
 
363 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 
347 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  50.57 
 
 
348 aa  336  2.9999999999999997e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  50.29 
 
 
348 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 
347 aa  329  4e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  50.59 
 
 
338 aa  321  9.000000000000001e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  50.15 
 
 
349 aa  319  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  49.69 
 
 
351 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  47.54 
 
 
350 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  50.61 
 
 
346 aa  308  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 
351 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.43 
 
 
348 aa  305  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  46.36 
 
 
366 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  46.36 
 
 
366 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  45.48 
 
 
358 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  46.11 
 
 
360 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.15 
 
 
356 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  40.06 
 
 
357 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  42.45 
 
 
356 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.74 
 
 
363 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  42.62 
 
 
357 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.74 
 
 
358 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.74 
 
 
370 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  37.94 
 
 
354 aa  256  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  39.55 
 
 
359 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  40.56 
 
 
357 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  39.52 
 
 
360 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  40.63 
 
 
353 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.78 
 
 
371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  35.74 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  34.49 
 
 
336 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.88 
 
 
368 aa  193  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  34.11 
 
 
377 aa  192  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  37.68 
 
 
346 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 
341 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
336 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  36.59 
 
 
336 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  36.59 
 
 
336 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 
341 aa  188  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 
361 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 
341 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 
351 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  35.01 
 
 
361 aa  187  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 
341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.61 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>