276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3941 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
355 aa  731    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  74.79 
 
 
358 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  72.27 
 
 
374 aa  521  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  77.71 
 
 
355 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  67.64 
 
 
350 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  68.36 
 
 
350 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  68.4 
 
 
355 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  68.92 
 
 
348 aa  465  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  64.22 
 
 
347 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  61.77 
 
 
348 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  61.77 
 
 
348 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  63.91 
 
 
348 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63 
 
 
348 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  62.35 
 
 
348 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  61.77 
 
 
350 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  62.04 
 
 
348 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  59.59 
 
 
348 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 
342 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 
347 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  43.4 
 
 
335 aa  262  8.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  39.31 
 
 
407 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.63 
 
 
383 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 
354 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 
362 aa  249  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  38.01 
 
 
355 aa  246  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 
345 aa  238  9e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 
347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  37.5 
 
 
342 aa  232  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  39.03 
 
 
344 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 
347 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  33.52 
 
 
348 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
348 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.16 
 
 
349 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
338 aa  99.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  28.83 
 
 
344 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
343 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.49 
 
 
347 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  28.48 
 
 
346 aa  86.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
347 aa  86.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
355 aa  84.3  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
346 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.28 
 
 
346 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  26.32 
 
 
344 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  27.01 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 
344 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
343 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 
340 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
345 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 
345 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  28.66 
 
 
340 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.68 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
340 aa  74.3  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  25.21 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.99 
 
 
341 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 
344 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.77 
 
 
341 aa  71.2  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
343 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.02 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  24.34 
 
 
320 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.1 
 
 
325 aa  71.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
470 aa  70.1  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.61 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
347 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  26.22 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  27 
 
 
343 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.45 
 
 
341 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.32 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.78 
 
 
351 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  26.98 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
337 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
340 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  28.51 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.2 
 
 
344 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
350 aa  64.7  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  21.5 
 
 
367 aa  64.3  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 
326 aa  64.3  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 
342 aa  63.9  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
353 aa  63.5  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
338 aa  63.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
341 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.59 
 
 
351 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
343 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  25.55 
 
 
343 aa  61.2  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.61 
 
 
354 aa  61.2  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
341 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  25.89 
 
 
266 aa  60.1  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.99 
 
 
348 aa  60.5  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
345 aa  60.1  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
342 aa  59.7  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04830  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  23.85 
 
 
359 aa  58.9  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>