More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2202 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.71 
 
 
348 aa  706    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  99.71 
 
 
348 aa  706    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.71 
 
 
348 aa  706    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.43 
 
 
348 aa  704    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  93.39 
 
 
348 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  91.09 
 
 
348 aa  661    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.43 
 
 
348 aa  704    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.71 
 
 
348 aa  706    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  93.68 
 
 
348 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  99.71 
 
 
348 aa  706    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.43 
 
 
348 aa  703    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  93.68 
 
 
348 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
348 aa  709    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  93.68 
 
 
348 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  93.68 
 
 
348 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  79.89 
 
 
347 aa  584  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  79.89 
 
 
347 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  64.69 
 
 
345 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  62.03 
 
 
345 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  62.03 
 
 
345 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  60.52 
 
 
347 aa  434  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  57.88 
 
 
366 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  57.14 
 
 
362 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  57.59 
 
 
343 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  57.02 
 
 
343 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  50.89 
 
 
350 aa  372  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  49.73 
 
 
374 aa  368  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  52.92 
 
 
345 aa  367  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
346 aa  363  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  50.55 
 
 
361 aa  358  8e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  51.07 
 
 
358 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  50.15 
 
 
374 aa  345  5e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  48.1 
 
 
345 aa  341  1e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  45.66 
 
 
348 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  46.29 
 
 
342 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  38.99 
 
 
340 aa  266  4e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  38.39 
 
 
340 aa  263  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.44 
 
 
343 aa  261  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  39.53 
 
 
357 aa  253  2.0000000000000002e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.57 
 
 
355 aa  250  3e-65  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  41.49 
 
 
357 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  41.56 
 
 
357 aa  248  9e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.83 
 
 
355 aa  248  1e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 
357 aa  243  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 
357 aa  243  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  42.58 
 
 
360 aa  241  9e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  40.31 
 
 
359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  40.06 
 
 
357 aa  239  4e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  39.3 
 
 
363 aa  239  5e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.14 
 
 
357 aa  238  9e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  42.41 
 
 
396 aa  236  6e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  41.61 
 
 
360 aa  235  8e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  38.04 
 
 
356 aa  233  3e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 
357 aa  233  3e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  39.47 
 
 
359 aa  229  4e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 
396 aa  229  6e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  39.07 
 
 
367 aa  225  9e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  41.95 
 
 
370 aa  224  1e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  39.07 
 
 
367 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  35.84 
 
 
350 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  36.73 
 
 
359 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 
354 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  40.26 
 
 
336 aa  223  3e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.26 
 
 
336 aa  222  9e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  36.09 
 
 
345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 
342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  36.09 
 
 
345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  219  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  219  5e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  34.13 
 
 
349 aa  219  6e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 
349 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 
371 aa  218  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 
349 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 
349 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 
349 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  37.5 
 
 
371 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
364 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 
349 aa  216  5e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
340 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 
360 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 
350 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  41.08 
 
 
382 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  36.75 
 
 
368 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  34.15 
 
 
363 aa  210  3e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.6 
 
 
365 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  37.23 
 
 
342 aa  209  6e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 
353 aa  209  7e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  37.91 
 
 
371 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 
365 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 
371 aa  208  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 
375 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 
371 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  35.38 
 
 
345 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 
401 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.42 
 
 
364 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 
364 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  37.23 
 
 
365 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  37.23 
 
 
365 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>