266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8307 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
344 aa  700    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  58.51 
 
 
335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  53.35 
 
 
342 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  51.18 
 
 
345 aa  335  9e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 
347 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  44.8 
 
 
347 aa  298  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 
342 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  43.82 
 
 
354 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  46.01 
 
 
362 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.94 
 
 
383 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  45.51 
 
 
355 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  42.06 
 
 
407 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 
347 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 
355 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  38.12 
 
 
358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  38.01 
 
 
348 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  36.96 
 
 
350 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
348 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
348 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 
355 aa  212  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 
350 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 
355 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 
374 aa  210  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  39.88 
 
 
348 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  39.21 
 
 
350 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.53 
 
 
348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 
348 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 
348 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 
348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  32.52 
 
 
348 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
338 aa  115  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.58 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 
340 aa  109  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  28.53 
 
 
344 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
345 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.48 
 
 
345 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 
343 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
358 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.33 
 
 
351 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
347 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
345 aa  85.5  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.62 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
340 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.11 
 
 
347 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
363 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
346 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
347 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  30.95 
 
 
351 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.46 
 
 
354 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 
340 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  22.66 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30.16 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.7 
 
 
378 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.45 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.73 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
353 aa  72.8  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.58 
 
 
341 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04830  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  21.41 
 
 
359 aa  71.6  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.58 
 
 
341 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 
341 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  26.24 
 
 
346 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 
364 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
343 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.19 
 
 
364 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  27.31 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  25.69 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 
344 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  23.6 
 
 
367 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.63 
 
 
365 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 
322 aa  66.6  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
362 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.48 
 
 
341 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.48 
 
 
341 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
359 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
365 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  23.99 
 
 
346 aa  64.7  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  23.39 
 
 
343 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 
325 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.58 
 
 
341 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
355 aa  63.9  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
341 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
344 aa  63.2  0.000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  23.25 
 
 
343 aa  63.5  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  30.06 
 
 
339 aa  62.8  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
339 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 
341 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.44 
 
 
341 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
342 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>