More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5047 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
338 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  31.76 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
347 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  29.11 
 
 
348 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
348 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  30.41 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.47 
 
 
349 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
345 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
345 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
342 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  27.47 
 
 
345 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 
346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
347 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  26.33 
 
 
344 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
407 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
347 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  29.05 
 
 
347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.62 
 
 
383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
347 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 
355 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
354 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
340 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  31.5 
 
 
353 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  30 
 
 
323 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
362 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  29.9 
 
 
364 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
343 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.9 
 
 
364 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
365 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 
340 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
347 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
340 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  25.59 
 
 
348 aa  96.3  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.04 
 
 
365 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
355 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.08 
 
 
354 aa  95.5  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
358 aa  94  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
355 aa  93.6  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
348 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
348 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
348 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.84 
 
 
344 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 
348 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
348 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.16 
 
 
348 aa  89.4  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
350 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  26.71 
 
 
345 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
350 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
374 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.94 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  27.14 
 
 
350 aa  87  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
343 aa  86.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
343 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
355 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.99 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 
355 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
349 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  28.22 
 
 
341 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
350 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  25.08 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.29 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
350 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.52 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.9 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  29.45 
 
 
337 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.61 
 
 
345 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
363 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
374 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.89 
 
 
347 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.1 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.1 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.1 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
342 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
348 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  25.17 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.1 
 
 
345 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.1 
 
 
345 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.73 
 
 
349 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.03 
 
 
371 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 
348 aa  76.6  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.51 
 
 
361 aa  77  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
339 aa  76.6  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.83 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>