More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_1048 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  100 
 
 
345 aa  701    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  65.23 
 
 
361 aa  459  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  52.33 
 
 
345 aa  385  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  52.96 
 
 
347 aa  371  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.1 
 
 
348 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.1 
 
 
348 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.1 
 
 
348 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.1 
 
 
348 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  53.8 
 
 
348 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  52.66 
 
 
347 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  52.92 
 
 
347 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  52.05 
 
 
348 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.41 
 
 
348 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  54.1 
 
 
348 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  52.31 
 
 
345 aa  361  9e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  52.31 
 
 
345 aa  360  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.02 
 
 
366 aa  326  5e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  48.02 
 
 
343 aa  323  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  48.02 
 
 
343 aa  323  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  45.75 
 
 
362 aa  315  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  43.07 
 
 
350 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  44.31 
 
 
374 aa  295  7e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  42.73 
 
 
374 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 
346 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  41.67 
 
 
358 aa  259  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  37.72 
 
 
342 aa  258  9e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 
345 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  38.51 
 
 
340 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.86 
 
 
343 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.8 
 
 
348 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  37.01 
 
 
340 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 
357 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 
357 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  36.95 
 
 
357 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 
349 aa  209  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  36.26 
 
 
345 aa  208  1e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 
350 aa  208  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.64 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  36.26 
 
 
345 aa  208  1e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  37.79 
 
 
355 aa  207  1e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.04 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  37.11 
 
 
357 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.74 
 
 
349 aa  205  9e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 
349 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
357 aa  203  4e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 
354 aa  202  5e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 
362 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  34.62 
 
 
345 aa  202  8e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  37.46 
 
 
362 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 
364 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.08 
 
 
357 aa  200  3e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
362 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 
362 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 
401 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.53 
 
 
364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 
364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 
364 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 
396 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 
366 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
364 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  34.22 
 
 
359 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
396 aa  195  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  32.34 
 
 
357 aa  195  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  36.94 
 
 
371 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
360 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  35.24 
 
 
366 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 
362 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 
375 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 
387 aa  194  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.31 
 
 
366 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 
387 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
363 aa  193  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.6 
 
 
363 aa  193  5e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  36.62 
 
 
382 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  32.7 
 
 
359 aa  193  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.91 
 
 
359 aa  192  6e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 
387 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
366 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.27 
 
 
372 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.15 
 
 
357 aa  191  1e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  35.4 
 
 
366 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.3 
 
 
355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 
353 aa  190  4e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
366 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  35.01 
 
 
366 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  34.98 
 
 
371 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
366 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.56 
 
 
369 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.44 
 
 
371 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.17 
 
 
369 aa  188  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>