More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4943 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
340 aa  703    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  29.34 
 
 
335 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  30.41 
 
 
344 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  29.62 
 
 
347 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
347 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.86 
 
 
342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 
346 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
345 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
338 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.1 
 
 
323 aa  99.4  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
345 aa  99.4  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 
347 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
362 aa  96.7  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.48 
 
 
383 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
345 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 
347 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25.3 
 
 
345 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 
346 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
355 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
355 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
343 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
343 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  26.99 
 
 
348 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
342 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.71 
 
 
344 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 
343 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.15 
 
 
348 aa  86.7  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 
354 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  25.08 
 
 
345 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 
407 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
349 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.57 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.57 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
347 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
358 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
355 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
347 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
349 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.27 
 
 
349 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.4 
 
 
345 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
349 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
349 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
349 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
349 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.32 
 
 
344 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
355 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 
355 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.56 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
350 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
353 aa  74.3  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  26.14 
 
 
348 aa  72.8  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
358 aa  72  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 
358 aa  69.7  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
368 aa  69.7  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
355 aa  69.3  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  26.45 
 
 
369 aa  69.7  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.92 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
374 aa  67  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.09 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 
365 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 
346 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  21.71 
 
 
340 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  21.94 
 
 
340 aa  63.5  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.58 
 
 
357 aa  63.2  0.000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.43 
 
 
367 aa  62.8  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  21.02 
 
 
340 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
374 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
348 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
350 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.77 
 
 
365 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.85 
 
 
375 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  23.88 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 
354 aa  60.5  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
363 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  24.89 
 
 
364 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.89 
 
 
364 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0185  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 
379 aa  60.1  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  24.75 
 
 
350 aa  60.1  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
372 aa  59.7  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 
345 aa  59.3  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  25.35 
 
 
350 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  26.6 
 
 
353 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.98 
 
 
367 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
369 aa  58.9  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 
333 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 
416 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>