286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1837 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
335 aa  686    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  58.51 
 
 
344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  55.79 
 
 
345 aa  401  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  57.61 
 
 
342 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  51.33 
 
 
347 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 
354 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.69 
 
 
383 aa  334  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  49.38 
 
 
355 aa  329  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  47.59 
 
 
347 aa  328  8e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  46.08 
 
 
342 aa  320  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  48.78 
 
 
362 aa  317  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  45.86 
 
 
407 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  42.77 
 
 
355 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  41.9 
 
 
358 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 
355 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 
374 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 
347 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  40.18 
 
 
350 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  40.06 
 
 
348 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  40.06 
 
 
348 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  40.67 
 
 
348 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 
350 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  40.12 
 
 
348 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.84 
 
 
348 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
348 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
348 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  32.37 
 
 
347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  32.63 
 
 
348 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
348 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  31.16 
 
 
349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
345 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.7 
 
 
345 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
340 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
347 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.96 
 
 
344 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.1 
 
 
323 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.66 
 
 
347 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  28.79 
 
 
346 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
347 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
363 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
355 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.89 
 
 
344 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.04 
 
 
354 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  24.7 
 
 
345 aa  86.3  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
343 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
358 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.93 
 
 
367 aa  83.2  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
343 aa  82.8  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
355 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.89 
 
 
325 aa  79.3  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04830  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  24.53 
 
 
359 aa  78.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
346 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.65 
 
 
348 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
340 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  30.09 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.09 
 
 
364 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  24.84 
 
 
346 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
359 aa  73.2  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 
346 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.77 
 
 
354 aa  72.4  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
343 aa  72  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
343 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.32 
 
 
365 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.07 
 
 
325 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.48 
 
 
378 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  24.17 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
340 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 
342 aa  67  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
353 aa  65.9  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  27.94 
 
 
351 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
400 aa  64.7  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.72 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 
340 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.72 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.34 
 
 
351 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
353 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.28 
 
 
341 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 
347 aa  63.5  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 
335 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.01 
 
 
341 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.91 
 
 
341 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
341 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
362 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  27.09 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.91 
 
 
341 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
349 aa  61.2  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>