More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6274 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  89.32 
 
 
364 aa  671    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
365 aa  740    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  89.86 
 
 
365 aa  677    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  89.04 
 
 
364 aa  670    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  65.49 
 
 
367 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  59.05 
 
 
363 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
338 aa  99.8  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
348 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
345 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 
347 aa  93.2  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  31.1 
 
 
345 aa  92.8  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  31.17 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.87 
 
 
342 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.42 
 
 
343 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  29.68 
 
 
348 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.91 
 
 
378 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.45 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
347 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.63 
 
 
323 aa  77  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.79 
 
 
361 aa  77  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
355 aa  76.6  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  28.37 
 
 
342 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 
354 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.93 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 
346 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.71 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.36 
 
 
353 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
362 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
349 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
366 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  28.76 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.79 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.57 
 
 
370 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 
342 aa  70.1  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
357 aa  69.7  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
363 aa  69.7  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
360 aa  69.7  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
350 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.68 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  29.08 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 
373 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.24 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  31.33 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
396 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  32.12 
 
 
358 aa  67.4  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
346 aa  67.4  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
342 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
357 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
343 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
342 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  26.15 
 
 
344 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
350 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.09 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.09 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
351 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 
349 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.75 
 
 
344 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
346 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 
352 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
396 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
354 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.71 
 
 
355 aa  64.7  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 
357 aa  63.9  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.42 
 
 
316 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.31 
 
 
347 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
350 aa  63.5  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 
382 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 
348 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.05 
 
 
340 aa  63.5  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
359 aa  63.5  0.000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
348 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.44 
 
 
349 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.73 
 
 
347 aa  63.2  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.19 
 
 
348 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
348 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>